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#1 jeu. 07 décembre 2017 14:14

Association Etc Terra
Invité

[STAGE] Production atlas biodiversité Madagascar - Montpellier (34)

Contexte du projet :
Le stage proposé s’insère dans le projet BioSceneMada (https://bioscenemada.cirad.fr/), mis en œuvre par le Cirad, l’association Etc Terra-Rongead, World Conservation Society (WCS) et l’Office National de l’Environnement (ONE). L’objectif du projet BioSceneMada est de fournir des scénarios d’évolution de la biodiversité sous l’impact conjoint du changement climatique et de la déforestation à Madagascar. Le projet BioSceneMada propose de réaliser un atlas de la biodiversité à Madagascar présentant l’aire de distribution présente et future pour environ 4500 espèces appartenant à des groupes taxonomiques (animaux et végétaux) représentatifs de la biodiversité à Madagascar.

La production de cet atlas vise à :
- Réaliser un état des lieux de la biodiversité à Madagascar et de sa vulnérabilité au changement climatique ;
- Appliquer le modèle de distribution des espèces (SDM) pour l’ensemble des espèces constituant la base de données;
- Évaluer l’incertitude des prédictions et augmenter la robustesse de l’aire de distribution par une approche utilisant des modèles d’ensemble (utilisation du package biomod2) ;
- Obtenir des cartes de distribution des espèces : actuelle et sous l’effet des changements climatiques ;
- Identifier la niche écologique des espèces ;
- Estimer la vulnérabilité des espèces aux changements climatiques (réduction de l’aire de distribution et identification de zones refuges).

L’atlas de la biodiversité permettra d’aider à l’optimisation des stratégies de conservation de la biodiversité à Madagascar, sur la base de résultats scientifiques et des connaissances sur l’écologie des espèces.

Objectifs du stage :
L’objectif général du stage est de produire cet atlas incluant  (i) les points de présence des espèces, (ii) leur aire de distribution actuelle, (iii) la distribution future potentielle des espèces sous l’effet du changement climatique et une estimation de leur vulnérabilité au changement climatique.
Les objectifs spécifiques sont :
- Actualiser le script (R) qui a permis d’obtenir les premiers résultats sur le genre Adansonia (7 espèces de baobab présentes à Madagascar); https://bioscenemada.cirad.fr/FileTransfer/atlas.pdf ;
- Adapter les modèles de distribution par groupe taxonomique en faisant varier les facteurs environnementaux de la distribution des espèces (test sur l’inclusion du pourcentage de couvert forestier dans une cellule 1km x 1km) ;
- Appliquer le script à l’ensemble des groupes taxonomiques et espèces présents dans la base de données ;
- Optimiser des calculs en développant des techniques de parallélisation ;
- Utiliser Rmarkdown pour la rédaction dynamique de documents combinant du texte, des scripts et des cartes ;
- Proposer un atlas en ligne présentant l’ensemble des résultats (format html, Leaflet, etc.).

Profil recherché :
• Étudiant Ingénieur ou en Master 2 en bio-informatique, bio-statistique ;
• Bonnes compétences en statistique et modélisation. Connaissances en écologie appréciées ;
• Maitrise du logiciel R et de Rstudio (Rmarkdown) ;
• Compétences en SIG ;
• Compétences rédactionnelles ;
• Autonomie et adaptabilité.

Mandataire :
Etc Terra – Rongead est le fruit de la fusion entre deux associations à but non lucratif : Etc Terra et Rongead. La mission commune est d’assurer le développement de territoires tout en assurant la préservation de l’environnement naturelle et le dynamisme des filières agricoles. Convaincue de la nécessité de mesurer de manière fiable et documentée l’impact de ses divers projets et résolue à renforcer les capacités des acteurs des pays du sud, Etc Terra a décidé de créer Etc Lab’. Ce laboratoire regroupe l’expertise technique et scientifique d’Etc Terra et travaille en collaboration avec la recherche scientifique.

Organisation et conditions :
Le stage aura une durée de 5 à 6 mois en 2018, idéalement de février/mars à juin/juillet. Il se déroulera en France à Montpellier.

L’indemnité légale de stage sera de 554,40 euros par mois.

Le stage sera encadré par Clovis Grinand (Chargé de Projet EtcLab’ – c.grinand@texte-a-enlever.etcterra.org), Frédérique Montfort (Chargée de mission Biodiversité – f.montfort@texte-a-enlever.etcterra.org) et Ghislain Vieilledent (Chercheur au Cirad - ghislain.vieilledent@texte-a-enlever.cirad.fr).

Les candidatures sont à envoyer à Clovis Grinand avant fin janvier.

Références :
Araujo, M.B. & New, M. (2007). Ensemble forecasting of species distributions. Trends In Ecology & Evolution, 22, 42-47.
Thuiller, W., Lafourcade, B., Engler, R.,Araujo, M.B. (2009). BIOMOD a platform for ensemble forecasting of species distributions. Ecography, 32, 369-373.
Vieilledent, G., Cornu, C., Cuní Sanchez, A., Leong Pock-Tsy, J.M. & Danthu, P. (2013). Vulnerability of baobab species to climate change and effectiveness of the protected area network in Madagascar: Towards new conservation priorities. Biological Conservation, 166, 11-22.

 

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