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#1 Fri 11 September 2020 15:15

Johany François
Invité

[STAGE] Conception et mise en place d’une IDS - Saint-Genès (63)

PROPOSITION SUJET de STAGE 2020-2021

TITRE : Conception et mise en place d’une infrastructure de données spatiales (IDS) pour la gestion et le traitement de données sur le risque de piqûre de tiques

Maîtres de Stage :
François JOHANY    Ingénieur d’Etude, UMR Territoires (UMRT), INRAE
Tél    +33 (0)4 73 62 41 63, Mail    francois.johany@texte-a-enlever.inrae.fr

Isabelle LEBERT    Ingénieur de Recherche, UMR Epidémiologie des maladies animales et zoonotiques (UMR EPIA), INRAE
Tél     +33 (0)4 73 62 46 71, Mail    isabelle.lebert@texte-a-enlever.inrae.fr

Laboratoire d’accueil : INRAE Clermont Auvergne-Rhône-Alpes, UMRT et UMR EPIA, Site de Theix, 6312 Saint-Genès Champanelle

Directeurs d’Unité
UMRT : Hélène Mainet (helene.mainet@texte-a-enlever.uca.fr)
UMR EPIA : Xavier Bailly (xavier.bailly@texte-a-enlever.inrae.fr )

L’UMRT s’intéresse à la multiplicité des configurations (locales et régionales) et aux trajectoires (individuelles et collectives) qui conditionnent les représentations territoriales et qui impactent l’action publique.
L'UMR EPIA étudie l’épidémiologie des maladies infectieuses dans les populations animales (dont certaines transmissibles à l’homme), en relation avec les processus écologiques et évolutifs, dans le contexte de changement global.

Modalités pratiques du stage :
-    Durée : 5 à 6 mois
-    Gratification : 550 €/mois
-    Le stage se déroulera sur le site INRAE de Saint-Genès Champanelle
-    Transport gratuit en car entre Clermont-Ferrand et le centre INRAE.

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Sujet : Conception et mise en place d’une infrastructure de données spatiales (IDS) pour la gestion et le traitement de données sur le risque de piqûre de tiques

Contexte du stage
Les tiques vivent dans les milieux naturels partagés par l’homme, les animaux. Ce sont des vecteurs potentiels de maladies, comme la borréliose de Lyme, transmis par la tique Ixodes ricinus. En 2019, l’incidence estimée de la borréliose de Lyme est de 50 000 cas en France dans la population générale. Le risque d’infection de l’homme par un agent infectieux transmis par une tique dépend de : 1-l’aléa défini comme la présence ou l’abondance de la tique I. ricinus dans l’environnement où la bactérie est présente ; 2-l’exposition humaine qui représente l’intensité des contacts de l’homme avec la tique infectée, compte tenu de ses activités ; 3-la susceptibilité de l’hôte face à l’agent pathogène.
L’UMR EPIA travaille d’une part sur la cartographie des conditions favorables à la présence de la tique I. ricinus (projet Cartotique) et sur l’exposition humaine aux piqûres de tiques (projet Freqrando), notamment les randonneurs. L’UMRT, spécialisée dans les méthodes sur l’étude des représentations à travers l’information spatiale et géographique, apporte ses compétences en sciences Humaines et sociales sur la compréhension du risque tique par les populations. Les deux unités ont collaboré dans le projet TELETIQ (Intérêt des données de TELEphonie mobile et de sciences participatives pour l’estimation et la compréhension du risque de transmission de maladies liées à l’environnement. Application aux maladies transmises). Elles travaillent également dans un contexte de sciences participatives ce qui permet d’acquérir de nombreuses données, dont il faut gérer le flux continu. Il est nécessaire d’en assurer la réception, le stockage, l’analyse voire la synthèse, mais également la restitution. Il est indispensable de partager les résultats des enquêtes et des modèles réalisés en assurant une diffusion auprès de différents publics (personnes enquêtées, financeurs, autres unités…) via des cartes en ligne (web-sig). Les projets de l’UMRT et l’UMR EPIA mobilisent les Systèmes d’Information Géographique (SIG), de nombreuses sources de données spatiales et des référentiels externes. Elles ont des besoins en représentation cartographique des données et de leur traitement.
L’objectif du stage est de concevoir et de mettre en place une infrastructure de données spatiales (IDS) prenant en compte la gestion, le traitement et la visualisation des données spatiales utilisées dans le projet sur le risque de piqûres de tiques sur une population à risque les randonneurs.

Déroulement du stage
L’objectif est de formaliser et automatiser la chaine de production et de traitement des données géographiques, notamment les tâches récurrentes, et faciliter leur partage et leur diffusion. L’étudiant aura en charge :
-    l’identification et la formalisation des besoins pour l’IDS
-    la proposition de préconisations techniques et leurs validations avec les responsables
-    la mise en place des outils de l’IDS et le déploiement sur les serveurs des unités
-    le développement de scripts d’automatisation de tâches (gestion de données primaires, intégration dans les bases de données, traitement Qgis/ArcGis, diffusion)
-    la formation des utilisateurs et la rédaction d’une documentation
Le stage s’appuiera sur les résultats du projet TELETIQ. L’IDS sera appliqué au projet FreqRando qui a pour but de connaître la fréquentation humaine des sentiers de randonnée en France afin d’estimer l’exposition humaine aux piqûres de tiques. Un questionnaire recueille les randonnées (.gpx), et une base de données sous PostgreSQL PostGIS centralise les informations.
Les résultats attendus sont une IDS opérationnelle comprenant une documentation pour sa prise en main.

Profil recherché
Etudiant en Master 2 en géomatique ou en informatique

Compétences en informatique recherchées
- Systèmes d’information géographiques (Openlayers, ArcGis, ...)
- SGBD (Postgre/Postgis)
- Serveur geo (geoserver, qgis server)
- Programmation Web (HTML5, PHP, Ajax, ....)
- Programmation Python
- Des notions d’administration système seront appréciées

Autres compétences
- Capacité à travailler en équipe
- Capacité à travailler avec des non-informaticiens
- Très bonne compréhension du français écrit et oral (pour interagir avec les utilisateurs)
- Capacité à lire et comprendre la documentation en Anglais

 

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