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#1 Tue 29 October 2019 16:50
- image95
- Participant assidu
- Date d'inscription: 6 Sep 2014
- Messages: 257
DGGRID et gdal : problème de compilation gdal (Linux)
Bonjour à tous,
Je souhaite installer l'outil dggrid permettant de générer des grilles globales discrètes :
https://github.com/sahrk/DGGRID
L'outil nécessite 4 dépendances (3 sont inclues avec l'outil) et une n'est pas incluse : gdal, la cause de mon problème.
Je travaille sur linuxMint (ubuntu) version 19.1 (tessa).
Voici les quelques lignes d'instructions d'installation de l'outil dggrid :
https://github.com/sahrk/DGGRID/blob/master/README.MAKE
J'ai fait l'étape 1 et 2 (j'ai édité simplement les deux path gdal du fichier MakeIncludes) :
Ci dessous ma version actuelle du fichier MakeInclude (si besoin, la version brute du fichier : https://github.com/sahrk/DGGRID/blob/ma … keIncludes :
Code:
# MakeIncludes # Version 7.01 - Kevin Sahr, 9/30/19 ### these GDAL location variables must be correctly set ### # location of GDAL header files GDAL_HDR_DIR = /opt/local/include # location of libgdal.a GDAL_LIB = /opt/local/lib/libgdal.dylib ### most users won't need to change anything below ### # compilers CCOMP = gcc CPPCOMP = g++ # flags for debugging vs. production DEBUG_CC_FLAGS = -g -O0 -Wall -fno-inline -fno-eliminate-unused-debug-types SHIP_CC_FLAGS = -O3 # choose which to use; comment out the one you don't want ADD_CC_FLAGS = $(SHIP_CC_FLAGS) #ADD_CC_FLAGS = $(DEBUG_CC_FLAGS) ### the variables below are used by the Makefiles ### # any extra C++ flags ADD_CPP_FLAGS = $(ADD_CC_FLAGS) -std=c++11 # external include search paths ADD_INC_DIRS = -I$(GDAL_HDR_DIR) # external libraries to link when linking a standard dglib executable ADD_LD_LIBS= $(GDAL_LIB)
La commande make s'execute (etape 3) mais j'ai quelques messages d'erreur :
Code:
IC /usr/bin/ld: /usr/lib/libgdal.a(gfstemplate.o): relocation R_X86_64_32S against hidden symbol `_ZNK9GMLReader13GetClassCountEv' can not be used when making a PIE object /usr/bin/ld: /usr/lib/libgdal.a(gmlhandler.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata.str1.1' can not be used when making a PIE object; recompile with -fPIC /usr/bin/ld: /usr/lib/libgdal.a(ili2handler.o): relocation R_X86_64_32S against hidden symbol `_ZTV11ILI2Handler' can not be used when making a PIE object /usr/bin/ld: /usr/lib/libgdal.a(nashandler.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata.str1.8' can not be used when making a PIE object; recompile with -fPIC /usr/bin/ld: /usr/lib/libgdal.a(ntf_codelist.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata.str1.1' can not be used when making a PIE object; recompile with -fPIC /usr/bin/ld: /usr/lib/libgdal.a(ntf_estlayers.o): relocation R_X86_64_32S against hidden symbol `_ZN11OGRNTFLayer12GetLayerDefnEv' can not be used when making a PIE object /usr/bin/ld: /usr/lib/libgdal.a(ntf_raster.o): relocation R_X86_64_32S against hidden symbol `_ZTV17OGRNTFRasterLayer' can not be used when making a PIE object /usr/bin/ld: /usr/lib/libgdal.a(ogrmssqlgeometryparser.o): relocation R_X86_64_32S against `.rodata' can not be used when making a PIE object; recompile with -fPIC /usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section on output collect2: error: ld returned 1 exit status Makefile:21: recipe for target 'dggrid' failed make: *** [dggrid] Error 1
Le problème vient très probablement de mon installation / parametrage gdal.
Le développeur de l'outil dggrid m'invite : à recompiler la bibliothèque gdal avec l'indicateur -fPIC. Et dans dans MakeIncludes, ajouter l'indicateur suivant à la fin de ADD_CPP_FLAGS: -no-pie (ce que j'ai fait). Mais je bloque pour l'étape de compilation gdal avec l'indicateur -fPIC.
Une personne saurait elle me dire la procédure (commandes) pour compiler gdal avec l'indicateur -fPIC ? PLus généralement, la manière de compiler gdal ? Actuellement, lorsque je fais un gdalinfo --version : j'obtiens DGAL 2.2.3, released 2017/11/20. Pour l'installation gdal, j'avais fait cette commande : sudo apt-get install libgdal-dev
J'espère avoir été clair.
Je vous remercie beaucoup.
IMAGE
Dernière modification par image95 (Tue 29 October 2019 17:02)
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#2 Tue 29 October 2019 17:21
- rouault
- Participant assidu
- Date d'inscription: 26 Apr 2009
- Messages: 169
Re: DGGRID et gdal : problème de compilation gdal (Linux)
Au lieu de linker dggrid vers la librairie statiquel libgdal.a, essaye plutôt de linker vers libgdal.so
Sinon, pour compiler GDAL de tel sorte que son .a utilise -fPIC, il faut faire
./configure [options éventuelles] CFLAGS=-fPIC CXXFLAGS=-fPIC
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#3 Wed 30 October 2019 10:50
- image95
- Participant assidu
- Date d'inscription: 6 Sep 2014
- Messages: 257
Re: DGGRID et gdal : problème de compilation gdal (Linux)
Bonjour,
Merci.
Lorsque je fais
Code:
find / -iname "libgdal*" /usr/lib/libgdal.so /usr/lib/libgdal.so.20.3.2 /usr/lib/ogdi/libgdal.so /usr/lib/libgdal.so.20 /usr/lib/libgdal.a /usr/share/doc/libgdal-dev /usr/share/doc/libgdal20 /usr/share/lintian/overrides/libgdal-dev /usr/share/lintian/overrides/libgdal20
J'ai donc édité le fichier MakeIncludes comme celà :
Code:
# MakeIncludes # Version 7.01 - Kevin Sahr, 9/30/19 ### these GDAL location variables must be correctly set ### # location of GDAL header files GDAL_HDR_DIR = /usr/include/gdal # location of libgdal.a GDAL_LIB = /usr/lib/libgdal.so ### most users won't need to change anything below ### # compilers CCOMP = gcc CPPCOMP = g++ # flags for debugging vs. production DEBUG_CC_FLAGS = -g -O0 -Wall -fno-inline -fno-eliminate-unused-debug-types SHIP_CC_FLAGS = -O3 # choose which to use; comment out the one you don't want ADD_CC_FLAGS = $(SHIP_CC_FLAGS) #ADD_CC_FLAGS = $(DEBUG_CC_FLAGS) ### the variables below are used by the Makefiles ### # any extra C++ flags ADD_CPP_FLAGS = $(ADD_CC_FLAGS) -std=c++11 -no-pie # external include search paths ADD_INC_DIRS = -I$(GDAL_HDR_DIR) # external libraries to link when linking a standard dglib executable ADD_LD_LIBS= $(GDAL_LIB)
Puis j'ai fait un make clean :
Code:
osboxes@normalisation:~/DGGS/DGGRID/DGGRID-master/src/apps/dggrid$ make clean rm -rf binvals.o quadclip.o dggrid.o param.o transform.o binpres.o gridgen.o DgHexSF.o clipper.o table.o util.o binvals.depends quadclip.depends dggrid.depends param.depends transform.depends binpres.depends gridgen.depends DgHexSF.depends clipper.depends table.depends util.depends dggrid core ti_files ii_fil
Puis un make :
Code:
osboxes@normalisation:~/DGGS/DGGRID/DGGRID-master/src/apps/dggrid$ make g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie util.cpp > util.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie table.cpp > table.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie clipper.cpp > clipper.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie DgHexSF.cpp > DgHexSF.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie gridgen.cpp > gridgen.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie binpres.cpp > binpres.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie transform.cpp > transform.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie quadclip.cpp > quadclip.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie dggrid.cpp > dggrid.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie param.cpp > param.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie binvals.cpp > binvals.depends g++ -c binvals.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie -o binvals.o g++ -c param.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie -o param.o g++ -c dggrid.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie -o dggrid.o g++ -c quadclip.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie -o quadclip.o g++ -c transform.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie -o transform.o g++ -c binpres.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie -o binpres.o g++ -c gridgen.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie -o gridgen.o g++ -c DgHexSF.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie -o DgHexSF.o g++ -c clipper.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie -o clipper.o g++ -c table.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie -o table.o g++ -c util.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie -o util.o g++ -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -no-pie -o dggrid binvals.o param.o dggrid.o quadclip.o transform.o binpres.o gridgen.o DgHexSF.o clipper.o table.o util.o ../../lib/dglib/lib/dglib.a ../../lib/shapelib/lib/shapelib.a ../../lib/proj4lib/lib/proj4lib.a /usr/lib/libgdal.so
Lorsque je tente une commande dggrid :
Code:
osboxes@normalisation:~/DGGS/DGGRID/DGGRID-master/src/apps/dggrid$ dggrid dggrid: command not foun
Pour l'étape avec ./confire, il y a une message d'erreur (désolé, je suis pas un utilsateur de linux en temps normal) :
Code:
osboxes@normalisation:~/DGGS/DGGRID/DGGRID-master/src/apps/dggrid$ ./ configure /usr/local CFLAGS=-fPIC CXXFLAGS=-fPIC bash: ./: Is a directory
Dernière modification par image95 (Wed 30 October 2019 10:52)
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#4 Wed 30 October 2019 11:20
- tumasgiu
- Membre
- Lieu: Ajaccio
- Date d'inscription: 5 Jul 2010
- Messages: 1160
Re: DGGRID et gdal : problème de compilation gdal (Linux)
Salut,
pour l'étape configure, c'est l'espace entre ./ et configure qui provoque l'erreur.
Pour l'appel à votre commande dggrid essayez plutôt :
Code:
./dggrid
( il faut que vous vous trouviez dans le répertoire ~/DGGS/DGGRID/DGGRID-master/src/apps/dggrid )
Pour que vous puissiez lancer le programme en tapant seulement dggrid,
peu importe dans quel répertoire vous vous trouviez,
il faut que le binaire que vous avez compilé soit dans votre PATH.
Vous pouvez essayer de copier le binaire /usr/bin par exemple,
et voir si çà fonctionne.
Dernière modification par tumasgiu (Wed 30 October 2019 11:56)
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#5 Wed 30 October 2019 11:35
- image95
- Participant assidu
- Date d'inscription: 6 Sep 2014
- Messages: 257
Re: DGGRID et gdal : problème de compilation gdal (Linux)
Bonjour,
je viens de refaire un test :
Code:
osboxes@normalisation:~/DGGS/DGGRID/DGGRID-master/src/apps/dggrid$ ./configure /usr/local CFLAGS=-fPIC bash: ./configure: No such file or directory osboxes@normalisation:~/DGGS/DGGRID/DGGRID-master/src/apps/dggrid$ make clean rm -rf binvals.o quadclip.o dggrid.o param.o transform.o binpres.o gridgen.o DgHexSF.o clipper.o table.o util.o binvals.depends quadclip.depends dggrid.depends param.depends transform.depends binpres.depends gridgen.depends DgHexSF.depends clipper.depends table.depends util.depends dggrid core ti_files ii_files osboxes@normalisation:~/DGGS/DGGRID/DGGRID-master/src/apps/dggrid$ make g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 util.cpp > util.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 table.cpp > table.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 clipper.cpp > clipper.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 DgHexSF.cpp > DgHexSF.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 gridgen.cpp > gridgen.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 binpres.cpp > binpres.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 transform.cpp > transform.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 quadclip.cpp > quadclip.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 dggrid.cpp > dggrid.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 param.cpp > param.depends g++ -M -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 binvals.cpp > binvals.depends g++ -c binvals.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -o binvals.o g++ -c param.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -o param.o g++ -c dggrid.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -o dggrid.o g++ -c quadclip.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -o quadclip.o g++ -c transform.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -o transform.o g++ -c binpres.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -o binpres.o g++ -c gridgen.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -o gridgen.o g++ -c DgHexSF.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -o DgHexSF.o g++ -c clipper.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -o clipper.o g++ -c table.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -o table.o g++ -c util.cpp -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -o util.o g++ -I../../lib/dglib/include -I../../lib/shapelib/include -I../../lib/proj4lib/include -I/usr/include/gdal -O3 -std=c++11 -o dggrid binvals.o param.o dggrid.o quadclip.o transform.o binpres.o gridgen.o DgHexSF.o clipper.o table.o util.o ../../lib/dglib/lib/dglib.a ../../lib/shapelib/lib/shapelib.a ../../lib/proj4lib/lib/proj4lib.a /usr/lib/libgdal.so osboxes@normalisation:~/DGGS/DGGRID/DGGRID-master/src/apps/dggrid$ ./dggrid FATAL ERROR: usage: ./dggrid metaFileName
Dernière modification par image95 (Wed 30 October 2019 11:38)
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#6 Wed 30 October 2019 11:54
- tumasgiu
- Membre
- Lieu: Ajaccio
- Date d'inscription: 5 Jul 2010
- Messages: 1160
Re: DGGRID et gdal : problème de compilation gdal (Linux)
Le programme à l'air de fonctionner mais indique
qu'il faut lui donner comme argument un nom de metafile.
je ne sais pas trop comment fonctionne dggrid, il faudrait lire le manuel d'utilisation.
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#7 Wed 30 October 2019 14:34
- image95
- Participant assidu
- Date d'inscription: 6 Sep 2014
- Messages: 257
Re: DGGRID et gdal : problème de compilation gdal (Linux)
Merci pour vos réponses.
Vous avez probablement raison, l'etape de compilation a dû fonctionner car il y a bien un fichier dggrid executable qui a été créé.
Concernant gdal, la version qui a été téléchargé par le paquet / installée (gdalinfo --version : DGAL 2.2.3, released 2017/11/20) (installée avec sudo apt-get install libgdal-dev) est assez ancienne. Il faudrait regarder si refaire une compilation de l'outil avec une version de gdal plus récente pourrait etre intéressant.
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#8 Wed 30 October 2019 14:34
- image95
- Participant assidu
- Date d'inscription: 6 Sep 2014
- Messages: 257
Re: DGGRID et gdal : problème de compilation gdal (Linux)
Après un ultime échange avec le developpeur de l'outil :
a. configure ne fonctionne pas car DGGRID n'utilise pas cmake
b. Il semble que mon dernier test a bien permis de compiler dggrid.
c. Concernant le message d'erreur lors de l'execution de ./dggrid : DGGRID requiert un unique argument de ligne de commande, le nom d'un "métafichier" DGGRID. (cf. la première section du manuel DGGRID : https://webpages.sou.edu/~sahrk/docs/dg … ualV70.pdf )
Dernière modification par image95 (Wed 30 October 2019 15:05)
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#9 Wed 30 October 2019 14:34
- image95
- Participant assidu
- Date d'inscription: 6 Sep 2014
- Messages: 257
Re: DGGRID et gdal : problème de compilation gdal (Linux)
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Dernière modification par image95 (Wed 30 October 2019 14:58)
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#10 Wed 30 October 2019 16:46
- tumasgiu
- Membre
- Lieu: Ajaccio
- Date d'inscription: 5 Jul 2010
- Messages: 1160
Re: DGGRID et gdal : problème de compilation gdal (Linux)
Concernant gdal, la version qui a été téléchargé par le paquet / installée (gdalinfo --version : DGAL 2.2.3, released 2017/11/20) (installée avec sudo apt-get install libgdal-dev) est assez ancienne. Il faudrait regarder si refaire une compilation de l'outil avec une version de gdal plus récente pourrait etre intéressant.
Bonne idée, on compte sur vous pour tester çà et nous faire un retour 
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