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Bonjour a tous et toutes,
C'est mon tout premier post alors j'espère tout faire comme il faut.

Je code actuellement un plugin pour Qgis pour automatiser le moissonnage et le traitement de données de biodiversité depuis des sources publiques. Ce plugin à disposition de mes collègues et moi-même sert au quotidien dans notre travail d'écologues en BE, pour la rédaction d'études d'impact réglementaires, etc.

Jusqu'ici je traite principalement les données des sites Natura 2000 et ZNIEFF en extrayant les données depuis des fichiers xml. J'arrive a faire des tables pivots des espèces/sites, et c'est déjà très bien ... Je vais maintenant m'attaquer au données communales en piochant dans les DB régionales (lobellia, odin, ecalluna, digitale, etc) et pour faire parler mes données j'aimerais aller plus loin.

L'objectif est de définir des cortèges d'espèces (groupements de taxons partageant les mêmes habitats) à partir d'une liste initiale. Le workflow envisagé est le suivant :

    1. Interroger l'API de l'INPN pour extraire tous les codes habitats associés à chaque taxon (toutes typologies confondues).
    2. Construire une matrice de présence/absence (Espèces x Habitats).
    3. Réaliser une Analyse Factorielle des Correspondances (AFC) sur ces données.
    4. Appliquer un clustering pour faire émerger des groupes cohérents de milieux/espèces directement exploitables en cartographie.

Mes interrogations techniques :

    - Choix des bibliothèques : je n'ai jamais fait ça, jusqu'ici tout fonctionnait en natif sur Qgis, pourriez vous me conseiller ?
    - Installation et localisation : Comment procède-t-on proprement pour installer une nouvelle bibliothèque Python (comme prince ou pandas) afin qu'elle soit reconnue par l'interpréteur de QGIS ? Par ailleurs, où ces bibliothèques sont-elles physiquement installées sur le disque (sous Windows notamment) pour éviter les conflits entre différents environnements Python ?

Ce projet me semble être une approche robuste pour "automatiser" la définition de cortèges, mais je me demande humblement s'il n'existe pas des moyens plus simples, plus élégants ou des extensions existantes dans QGIS que j'aurais ignorés.

Je vous remercie par avance pour le temps que vous consacrerez à ma demande et pour vos précieux conseils.

Bien cordialement,