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Bonjour,
s'il y superposition parfaite de polygones, c'est parce que des points sont superposés avec exactement la même position.
Une solution est de nettoyer la couche de points.
Dans Arcmap, on  y calcule un champ XY concaténant le X et le Y  (ex "123475.678 123456.789")
on récapitule la table sur le champ XY en ne reprenant...
* la première occurence dans le champ contenant les valeurs si c'est un champ texte
* la valeur maxi  si c'est un champ numérique
Par jointure de la table de récapitulation avec la shape de point, on isole ces points avant le buffer.
Cordialement,

Salut Christophe,
Une solution rapide (mais valable que si tes zones de superpositions sont strictement différentes dans tes différents cas de figure) est de :
1- calculer les superficies de façon fine (réel double en m², par ex)
2- de faire un récapituler (click droit sur l'intitulé du champ dans la table attributaire) sur ce champ en spécifiant que tu veux la somme , le min ou le max de ton champ d'intérêt ==> sauvegarde de cette table
3- de fusionner ta couche selon les superficies
4- faire une jointure entre le champ superficies de la couche ainsi obtenue (étape 3) et celui de la table calculée (étape 2)
Dis nous si ça fonctionne !!