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Pour ta réponse, entre temps j'ai réussi à le faire marcher mais en passant directement par ENVI car le filtre est inclu dans la nouvelle version! Pour les paramètres j'ai également fait suivant la biblio et fait plusieurs tests. Par contre j'extrais les profils temporels bruts et  lissés de plusieurs points et j'ai lancé les mêmes simulations sous R avec 2 packages différents (Rtisean et Signal) et je ne trouve pas les même résultats que ceux d'ENVI. Les résultats sont en revanche bien les mêmes sous les deux packages R.  Autre chose bizarre, c'est que a priori quand on applique l'algo, le degrès du polynôme ne doit pas être plus grand que la largeur de la fenêtre de calcul! Dans R quand j'ai voulu "forcer" la chose, il m'a bien dit que c'était pas possible alors que dans ENVI c'est passé comme une lettre à la poste! Bref c'est un peu embattant!