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Le géoréférenceur de QIGS utilise l'utilitaire gdal_warp de la bibliothèque GDAL, le fonctionnement de cet outil ne permet pas une compression efficace, même si on a choisi une compression dans les menus déroulants. Vous obtenez une image géoref mais quasiment pas compressé.

gdal_warp a rajouté une option qui permet d'optimiser la compression au détriment de la vitesse d'excéution, malheureusement cette option n'est pas disponible directement dans l'interface de QGIS.

Donc pour obtenir une image géoréférencé avec une bonne compression, chargez l'image produite, faites un clic-droit "enregistrer sous" et sélectionnez un profil de compression (sans perte, jpeg, etc.).