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Bonjour,
Et dans ce fichier régional, que faites-vous exactement?:
- De la mise en forme (peut-être pas, vu que vous voulez conserver le style qml)?
- De l'édition d'entités? Auquel cas, ces modifications sont-elles rapatriées plus tard dans la couche nationale?
- Des mises en page à exporter?

De ce que je comprends, je pense que la plupart des problèmes se résoudraient via un enregistrer sous du projet QGIS national (c'est là que sont stockés l'organisation des groupes/couches et les styles appliqués aux couches) et une correction des liens vers les couches. Mais des réponses aux questions ci-dessus permettraient mieux de cerner votre process.

Bonjour,

Avez-vous envisagé d'utiliser le rendu dépendant de l'échelle: lorsque je dézoome au-delà de ma région, plus rien n'apparaît donc moins de risque de ramage
Une autre option pour alléger les projets est de filtrer la couche pour n'y afficher que les éléments du secteur qui vous intéressent mais dans le cas-ci, je pense que l'actualisation des requêtes lorsque vous passez d'une étude à l'autre peut être longue et je doute que toutes les données s'y prêtent.
Par contre la couche virtuelledécoupée peut être une option mais sous 2.14, elle naissait à peine donc je ne sais trop si je conseillerais son utilisation. Par contre, y a-t-il une raison particulière pour rester sur une version d'un autre âge alors que vous "débutez"?

Un enregistrer sous du projet ne vous permet pas d'organiser la structure du projet; il vous permet de la conserver: vous conservez à la fois les mises en forme de couches, les groupes et l'ordre. Et c'est ce qui est le plus fastidieux à refaire à l'identique. Concrètement:
1- Je découpe les couches au périmètre voulu et les stocke dans un ou des dossiers; je ne le ferai pas perso car à terme on ne sait plus quelle couche est la plus actuelle mais bon, on garde ce scénario.
2- Le projet initial national, je l'enregistre en mode relatif. Je ferme.
3- Dans l'explorateur, je copie le fichier dans un autre dossier (pas de même niveau dans l'arborescence): ce fichier régional contient mes liens relatifs vers les données nationales mais ces liens sont désormais cassés
4- Quand je vais relancer QGIS, il va se plaindre de ne pas trouver les couches: là, je vais parcourir mon arborescence et lui indiquer les couches découpées: celles-ci vont gentiment du coup venir remplacer les couches existantes, au même endroit et avec le même style.

Ces trois dernières étapes peuvent aussi se résumer en des modifications dans un éditeur de texte et sous réserve de savoir ce que vous faites, avec rigueur: sachant que le fichier qgs n'est que du texte, l'ouvrir dans un éditeur de texte et faire les rechercher/remplacer pour corriger/remplacer les chemins vers les fichiers découpés.