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Vous précisez dans le titre que l'une des tables au moins est un CSV.
Quel est le format de l'autre table ?
Si la table de destination est une table d'une base de données (Spatialite), peut-être même avec une table d'un GeoPackage (voire d'un SHP, mais j'ai un doute), vous pouvez le faire en SQL via le gestionnaire de base de données, avec une requête de type INSERT INTO :

INSERT INTO table2 (column1, column2, column3, ...)
SELECT column1, column2, column3, ...
FROM table1
WHERE condition;

(table1 = table source ; table2 = table destination)

la table de destination est une table postgres

Ah, et bien si vous travaillez sur des tables PostGreSQL, le faire en SQL a d'autant plus de sens et ma proposition (INSERT INTO) devrait répondre à votre besoin.