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Bonjour.
Je vais devoir vous demander de préciser votre question en vous retournant les questions suivantes:
- quelle est la taille de la zone d'étude ? En passant, où se situe cette zone ? Quel est le contexte général de cette zone (politique, environnemental, géographique, historique, culturel, économique, financier, social...) ?
- quelles sont les quantité, nature et diversité des données qui vont entrer dans le SIG ? Avez-vous déjà ces données ? Savez-vous quelles données utiliser ? En fonction de la réponse, les outils ne sont pas les mêmes, les coûts non plus.
- quel est votre propre connaissance de la géomatique ? Aurez-vous besoin de faire appel à des compétences externes pour produire les données, les intégrer, les traiter, les analyser ? En fonction de la réponse, les outils ne sont pas les mêmes, les coûts non plus.
- Si non, quelle est la méthode (ou les méthodes) que vous avez déjà envisagées ? Nécessiteront-elles des outils de télédétection, ou bien des outils d'analyse spatiale? Faudra-t-il repérer automatiquement des cultures agricoles ou faudra-t-il faire des buffer, des requêtes spatiales, etc...? Voire, des applications métier à haute valeur ajoutée (ex: modélisations de crues)? Là encore, les outils et les coûts ne sont pas les mêmes.
- Quels usages supplémentaires envisagez-vous: publication par Internet, par extranet, par intranet? Edition cartographique sur un atlas ? Cartes thématiques ? Cartes schématiques nécessitant beaucoup de travail graphique ? Cartes de navigation du style Google Map? Simples rapports d'étude où l'information géographique n'apparaît plus au final  (ce qui serait dommage ;-) )
- Projetez-vous de travailler en 2D ou en 3D? Vu la thématique, je suppose que la 2D suffirait, quoique je ne suis pas si sûr. Les données MNT (relief) permettent de faire un lien plus fin avec l'hydrographie, ce qui, en sécurité alimentaire, est tout à fait prioritaire (irrigations, sécheresses, érosions, crues...)

Voilà, désolé de vous assomer avec toutes ces questions, mais elles sont un préalable à une réponse suffisamment étoffée à la question - large - que vous avez posée.

Au plaisir d'apporter une petite contribution à ce sujet particulièrement sensible.
Par exemple, une cartographie de l'évolution des flux de coton et des flux de Manioc depuis, dans, et vers un pays donné (au hasard, le Mali) permettrait de se rendre compte de l'énormité de la situation dans laquelle nous l'avons plongé, et avec lui, de nombreux pays... Mais le sujet est peut-être plus localisé. A vous de nous le dire.