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Votre analyse semble pertinente, il y a sans doute un problème de résolution.
Résolutions de vos images raster ou de votre région grass ?
Pour vérifier:
r.info vous retournera les informations sur un raster dont sa résolution suite à son import en base grass (votre mnt).
Attention, s'il a été importé à une résolution de 1X1 km, il sera sans doute à cette résolution.
g.region -p vous retournera cette fois les paramètres de votre région dont la résolution.
Enfin, si cette dernière ne convient pas, vous utilisez g.region pour fixer LA bonne résolution.
Personnellement, quand je crée un nouveau secteur/jeu de données sous QGis, la première chose que je fais sous grass, avant tout import, c'est de fixer effectivement la résolution de la région ...

J'ai du mal à répondre car je n'ai plus de QGis installé avec les outils GRASS.
(Les dernières versions avec GRASS sont assez capricieuses   )
En natif avec grass, c'est très simple (g.region, section résolution 2d et zou ...)
De mémoire, avec QGis, le dernier icone de la barre d'outils "Paramètres de la région GRASS" doit t'ouvrir un boite dédiée à la région où tu peux fixer la résolution en EO et NS sans changer ton emprise.
...
Bonne suite.