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Bonsoir,

Je connais pas spatialite, mais ce que vous cherchez à faire est assez simple avec PostGIS et j'ai l'impression que les fonctions sont similaires.
Je vous propose donc quelques infos (qui fonctionnent sous PostGIS) qu'il faudra peut être adapter pour qu'elles fonctionnent avec Spatialite.

Dans un premier temps vous pouvez optimiser votre requête en utilisant des index spatiaux et en forçant leur utilisation (avec une clause WHERE).
De ce que j'ai compris c'est ce que cherchez à faire en utilisant R*tree.

Pour ce qui est de la fonction ST_Multi, d'après les références Spatialite ( http://www.gaia-gis.it/spatialite-2.4.0 … l-2.4.html ), elle renvoie une géométrie multiple (multipolygone) plutôt qu'une géométrie simple (polygone).
Ça peut être utile si le résultat de votre intersection génère des multipolygones (à ma connaissance, il n'est pas utile de se préoccuper de la "multiplicité" des polygones avec PostGIS) je ne sais pas si c'est utile avec Spatialite.

À ce propos l'auteur précise:

En clair, il convertit l'ensemble des entités résultants en multi-entités (j'imagine que c'est moins gourmand que de convertir le résultat de l'intersection en entités simples (à se faire confirmer par quelqu'un de + calé), puis il sélectionne uniquement les multipolygones pour ne pas créer d'erreurs (puisque la surface d'une ligne ou d'un point est nulle).

Sous PostgreSQL (et donc PostGIS) les clauses WHERE (et les jointures) utilisent les index.
Il suffit donc d'ajouter une clause WHERE (ou une jointure) utilisant les index spatiaux à votre requête pour l'optimiser.
Je sais qu'il existe des méthodes optimiser votre clause WHERE avec PostgreSQL en testant l'existence d'un objet (WHERE EXISTS (SELECT ...)), mais je laisserai des personnes plus compétentes préciser.
Côté requête avec PostGIS ça donnerait un truc comme ça (il faudra peut-être adapter un peu pour Spatialite!).

SELECT SUM(ST_Area(ST_Intersection(couche.geom, cadastre.geom))) AS "surface"
FROM couche, cadastre
WHERE ST_Intersects(couche.geom,cadastre.geom)

D'après votre second lien, il faut essayer quelque chose comme ça:

SELECT
    SUM(
          ST_Area(
            ST_Multi(
               ST_Intersection( t1.geometry,t2.geometry) ) ) ) AS surface
FROM couche t1, cadastre t2
WHERE
    ST_Intersects(t1.geometry,t2.geometry) 
AND
    GeometryType( 
        ST_Multi( ST_Intersection( t1.geometry,t2.geometry))
    ) = "MULTIPOLYGON"
AND
    t1.rowid IN (
        SELECT pkid
        FROM idx_t1_geometry
        WHERE
        pkid MATCH RtreeIntersects(
            MBRminX(t2.geometry),
            MBRminY(t2.geometry),
            MBRmaxX(t2.geometry),
            MBRmaxY(t2.geometry)
    )

La dernière clause WHERE semble comparer les bouding boxes de chaque polygone, c'est cette partie qui est censée optimiser la requête en utilisant les index spatiaux.
Tenez nous au courant et envoyez nous les erreurs si la requête n'est pas valide.
Et envoyez nous la requête qui n'aboutit pas car sans code il est difficile de débuguer!

Bonne soirée.