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Suite à un problème technique intervenu entre le 22 et le 23 mars, nous avons du procéder dans la soirée du 25 mars, à la restauration de la base de données du 24 mars (matinée).

En clair, nous avons perdu vos contributions et inscriptions du dimanche 24 et du lundi 25 mars.
Nous vous prions de nous excuser.

#1 Mon 17 November 2008 15:52

Quentin Fournier
Juste Inscrit !
Date d'inscription: 10 Nov 2008
Messages: 4

QGIS : Répartition des amphibiens et reptiles de Normandie par SIG

Bonjour,

Je suis étudiant en classe préparatoire et j'effectue une analyse de la répartition des reptiles et amphibiens de Normandie par SIG.

Le logiciel utilisé est QGIS. J'ai déjà obtenu les données climatiques de météo france ainsi que les données de paysage corine and land cover et de pédologie. J'ai également accès à la banque de données des observations.

Un travail préalable de reconversion des données climatiques sous format raster est déjà en cours, ainsi que de la conversion des données d'observations initialement sous Access. Le but de ce travail est d'établir une carte de probabilité de présence des différentes espèces.

Il s'agit donc de rentrer toutes ces données en raster, et il faut que sortir de QGIS un tableau croisant toutes les données. Ce tableau devra ensuite être réinjecté sous excel pour pouvoir effectuer des calculs statistiques, QGIS n'ayant pas ce genre de fonctions si je ne me trompe. Suite à ces traitements satistiques, il faudra ensuite réinjecté les données sous QGIS pour visualiser les cartes de probabilité de présence ainsi établies.

J'espère que j'ai été assez clair! N'étant pas un pro de l'informatique et encore moins des SIG, j'ai quelques soucis techniques! Je ne sais pas comment faire ce croisement de données sous QGIS pour obtenir un tableau (avec pour chaque espèces, indiquant les valeurs des différents paramètres pour les différents sites où l'espèce a été observée ).

Savez-vous comment obtenir un tel tableau?

Merci,

Quentin Fournier

[NdM] N'hésitez pas à revenir à la ligne pour une meilleur lisibilité de votre texte wink

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#2 Mon 17 November 2008 16:17

freesnowpetrel
Participant assidu
Lieu: Pretoria, Afrique du Sud
Date d'inscription: 1 Mar 2007
Messages: 222

Re: QGIS : Répartition des amphibiens et reptiles de Normandie par SIG

Salut,

Il te faut utiliser les fonctions grass de Qgis et travailler en mode raster avec la fonction r.calc qui est l'equivalent  (je crois) de la calculatrice raster dans arcgis.

Il te faudra des probabilites de presence en foncion de tes donnees meteo et corine. Tu pourras ensuite modeliser ton habitat par espece. Par exemple pour simplifier si ton espece n'est presente que dans les mares et la ou la temperature moyenne de l'air =10 degres, il te faut d'abord extraire de tes donnees d'occupation du sol un raster representant les mares, puis de tes donnees meteo un raster reprensentant les zones avec la temperature ideale.

Puis avec r.calc tu va additionner tes 2 rasters : la ou il se superposent ton espece devrait etre presente. C'etait un exemple simplifier, mais tu utiliseras surement des proba de presence, par exemple si ton espece a 0.5% de chance d'etre la sur les zone a 10 degres de temperature moyenne, tu multiplie ton raster qui represente les zones a 10 degres par des pixels de valeur 1 par ta proba de presence soit 0.5 + ton raster des mares ou la proba est ... Ca te donnera en sortie un raster avec les probabilites de presence de l'espece.

J'espere que c'est assez claire.

Rodolphe
[NdM] n'hésitez pas à revenir à la ligne pour une meilleur lisibilité wink

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#3 Mon 17 November 2008 18:02

n314
Participant assidu
Date d'inscription: 6 Sep 2005
Messages: 692

Re: QGIS : Répartition des amphibiens et reptiles de Normandie par SIG

Houlà rodolphe! Tu as re-défini l'ensemble de sa méthode... Alors que sa question portait juste (pour le moment!) sur l'équivalent qgis de http://webhelp.esri.com/arcgisdesktop/9 … _to_Points ou, encore plus adapté, http://webhelp.esri.com/arcgisdesktop/9 … ame=Sample...

Dernière modification par n314 (Mon 17 November 2008 18:03)

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#4 Mon 24 November 2008 18:15

BDavid
Participant occasionnel
Lieu: Paris, France
Date d'inscription: 24 Nov 2008
Messages: 40

Re: QGIS : Répartition des amphibiens et reptiles de Normandie par SIG

Bonjour,
Pour effectuer ce type de croisements, je vous suggère plutot
d'utiliser le logiciel SIG gratuit GRASS (grass.itc.it).
Il s'agit d'un logiciel qui peut paraitre ancien mais qui est bien
adapté pour effectuer de multiples croisements en utilisant le mode
raster.
La démarche consiste à charger chaque couche généralement en vecteur
(v.in.ogr), à les rasteriser (v.to.rast) puis à effectuer le
croisement en raster (r.stats).
Il semble que l'on peut utiliser QGIS pour visualiser les données de
Grass mais je n'ai jamais utilisé cette possibilité.

Benoit DAVID

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#5 Mon 24 November 2008 18:39

René-Luc D'Hont
Participant assidu
Date d'inscription: 7 Nov 2006
Messages: 328
Site web

Re: QGIS : Répartition des amphibiens et reptiles de Normandie par SIG

QGIS est un des sytèmes d'interface utilisateur pour GRASS. Il permet même d'utiliser GRASS sur Windows sans trop de difficulté. Enfin QGIS devrait prochainement être publier dans sa première version stable 1.0.

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#6 Wed 26 November 2008 15:35

Quentin Fournier
Juste Inscrit !
Date d'inscription: 10 Nov 2008
Messages: 4

Re: QGIS : Répartition des amphibiens et reptiles de Normandie par SIG

Merci beaucoup pour vos réponses et désolé pour ce moment d'absence! J'ai eu quelques problèmes techniques et je travaille dur dessus parce que je n'arrive pas trop à avancer... Je pense que l'on va essayer de rester sur Qgis quand même, on m'a dis que grass avait quelques problème sur windows...

Quentin

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#7 Fri 28 November 2008 15:02

clemeco
Participant occasionnel
Date d'inscription: 18 Apr 2008
Messages: 45

Re: QGIS : Répartition des amphibiens et reptiles de Normandie par SIG

Bonjour,
ma remarque ne vas pas du tout être du point de vue technique (je n'y connais rien à QGIS, même si j'aimerais m'y mettre à jour) mais plus sur le sujet de l'étude. Je travaille au conservatoire des sites naturels bourguignon sur un programme de réseau de mares régional, avec comme faune étudiée les amphibiens, et je me pose la question de la pertinence d'un travail sur Corine land Cover, très imprécis, pour un travail de ce genre (sauf si bien sur il existe déjà un recensement des mares à l'échelle régionale).
En effet les mares se situent, en Bourgogne en tout cas, principalement dans des zones bocagères/ d'élevage (hormis les mares forestières, plus ou moins nombreuses selon les régions), élément qui n'est pas représenté sous ClC (la classe systèmes culturaux et parcellaires complexe étant très variable d'un territoire à l'autre). Ainsi le nombre de mare par classe Corine land Cover me donne une répartition dans de nombreuses classes, alors qu'après vérification sur le terrain les mares se situent en grande majorité en territoire bocager.
De plus, la variables type de culture (qui conditionne la présence de mare) est je pense aussi importantes que les variables climat et pédologie.
En tout cas je serais intéressé d'avoir des retours sur tes résultats.

Clément

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#8 Fri 28 November 2008 15:31

Robin
GeoRezo forever
Lieu: France
Date d'inscription: 31 Aug 2005
Messages: 13614
Site web

Re: QGIS : Répartition des amphibiens et reptiles de Normandie par SIG

Hello,

clemeco a écrit:

je me pose la question de la pertinence d'un travail sur Corine land Cover, très imprécis, pour un travail de ce genre


A noter quelques éléments de base quand on travaille avec CLC : l'échelle de travail est au 1/100 000e, et les unités de moins de 25ha ne sont pas représentées.  Également, dans un an, elle fêtera ses 10 ans, donc elle n'est pas forcément très actuelle hmm

Ifen a écrit:

Les limites d’usage découlent de ce choix : la gestion locale d’espaces sensibles ou la surveillance de territoires précis relèvent d’échelle plus précises comme le 1/50 000 ou le 1/25 000 et nécessitent la description d’unités de moins de 25 hectares.


source : http://www.ifen.fr/uploads/media/CLC_utilisation_01.pdf

Robin.

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#9 Mon 08 December 2008 19:03

Quentin Fournier
Juste Inscrit !
Date d'inscription: 10 Nov 2008
Messages: 4

Re: QGIS : Répartition des amphibiens et reptiles de Normandie par SIG

En effet une étude a montrer que la prise en compte de CLC dans l'étude de répartition des amphibiens reptiles notamment permettait d'expliquer de nombreuses anomalies. Il s'agirait donc ici de ne pas omettre ce paramètre, même s'il est à prendre avec précaution, surtout avec ses imprécisions. Nous avons déjà une idée que certaines espèces seront plus en forêt ou non, la préférence de la rainette pour les bocages... Enfin je dois avouer que pour le moment nous sommes encore loin de l'exploitation des données!

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#10 Wed 11 February 2009 14:55

Quentin Fournier
Juste Inscrit !
Date d'inscription: 10 Nov 2008
Messages: 4

Re: QGIS : Répartition des amphibiens et reptiles de Normandie par SIG

Rebonjour,

   Après une longue absence et pleine en rebondissements. Tout d'abord il s'est avéré que la prise en compte de variables continues (pluviométrie, température) et discrètes (CLC) ensemble serait trop compliqué mathématiquement (à cause de la fonction de lien logit) pour nous à modéliser. Nous avons donc choisi de prendre en compte seulement les variables climatiques, ce qui reste quand même très intéressant puique l'on pourrait modéliser ainsi l'aire climatique potentielle de répartition des espèces, et vérifier les données déjà obtenues à ce sujet. Nous avons du faire une sélection dans les observations car la précision des coordonnées de certaines était moins bonne que les données Météo France. Nous avons ensuite longuement travaillé sur le plan mathématique. Nous allons donc à partir de R tenter de modéliser les répartitions par modèle linéaire généralisé, en utilisant la loi de bernouilli avec la fonction de lien logit. Nous étions parti dans des tests type LRT pour le choix des modèles, mais il s'est finalement avéré que l'utilisation de critère AIC était plus simple et au moins tout aussi bien! Ceci est sur le plan théorique mais le problème est que nous n'avons pas trouvé comment procéder concrêtement au choix des variables à injecter dans le modèle. Nous avons déjà émis nos hypothèses quant aux paramètres qui seront les plus significatifs, et nous savons que nous devrons tenir compte du principe de parcimonie, mais il apparaît que le choix des variables explicatives et leur ordre d'entrée dans le modèle est très sensible. Quelqu'un sait-il donc comment procéder?

Merci d'avance,

Quentin

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#11 Tue 17 January 2012 23:49

BARRYLAMAR
Juste Inscrit !
Date d'inscription: 6 Oct 2011
Messages: 2

Re: QGIS : Répartition des amphibiens et reptiles de Normandie par SIG

Bonjour,
Je suis entrain de travailler sur une gestion forestière, sous QGIS, je dois numériser des parcelles forestières qui peuvent s'étendre sur une ou plusieurs parcelles cadastrales, mon
problème, je veux faire un croisement de couche entre ces deux types de parcelles et ressortir la proportion (surface) de parcelle forestière sur chacune des parcelles cadastrales.
je serai très ravis des solutions que vous pourrez me proposer.
Merci d'avance

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#12 Wed 18 January 2012 09:10

MathieuR
Membre
Lieu: aix-en-provence
Date d'inscription: 16 Feb 2009
Messages: 1690
Site web

Re: QGIS : Répartition des amphibiens et reptiles de Normandie par SIG

Bonjour,

@quentin:
Il me semble que les méthodes statistiques appropriées pour ce genre d'étude peuvent être:

Dans un premier temps, la méthode Maximum Entropy avec le logiciel Maxent
http://homepages.inf.ed.ac.uk/lzhang10/maxent.html
http://cran.r-project.org/web/packages/ … index.html

Ou bien une analyse multi critères
Pour cela, il existe un plugin QGIS appelé MCELite

@barrylamar:
Utliser la fonction intersection dans QGIS (géo-traitement)


geodata au cerema et petits billets en géomatique

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