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Bonjour,
Il me semble que, une fois que vous avez paramétré le style d'affichage de votre couche, vous pouvez l'enregistrer (comme vous le faites remarquer) mais aussi le définir comme étant l'affichage par défaut de votre couche. Ainsi, chaque fois que vous appellerez cette couche dans n'importe quel projet qgis, elle s'affichera avec cette symbologie.
Donc, une symbologie à faire une fois et c'est bon pour les prochaines. Par contre, je ne saurais vous dire si cette symbologie peut se récupérer directement dans un autre logiciel. Peut-être devez-vous préciser quel logiciel vous pensez utiliser et les gens vous diront si ça l'est ou pas.

Pour ce qui est du fichier .cst, j'ignore ce que c'est mais il me semblait que la documentation des données CLC comportait un fichier word qui indiquait quelle couleur (définitions RVB et CMJN) correspondait à quel niveau de détail de la classification des modes d'occupation du sol. De quoi fabriquer une fois pour de bon la symbologie de votre fichier.