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Bonjour,
Si c'est pour Windows, j'ai une piste :

De mon côté j'ai adapté un fichier .bat utilisé initialement pour lancer Qgis installé sur une Clé usb.
Le .bat force Qgis à utiliser les répertoires qgisconfig (contenant entre autres les extensions) et qgisoptions sur la clé au lieu de .qgis2 habituel.

Adapté à une version installée sur un PC, ça donne :

@ECHO OFF
SET DRV_LTR=C:
SET OSGEO4W_ROOT=%DRV_LTR%\PROGRA~1\QGISDU~1
SET CONFIG_QGIS=C:\Users\lionel\Documents\configQgis\Dufour
path %PATH%;%OSGEO4W_ROOT%\bin;%OSGEO4W_ROOT%\apps;%OSGEO4W_ROOT%\bin
start "Quantum GIS" /B %OSGEO4W_ROOT%\bin\qgis.bat --configpath %CONFIG_QGIS%\qgisconfig --optionspath %CONFIG_QGIS%\qgisoptions

Attention aux pièges Windows :
1- Le répertoire "Utilisateurs" s'appelle en fait "Users".
2- Les noms de répertoires ou de fichiers contenant des espaces s'écrivent en version courte.
   Par exemple "QGIS Dufour" s'écrit QGISDU~1  et "Program Files" s'écrit "PROGRA~1"
   (Un simple dir /X dans l'invite de commandes permet de connaitre les noms courts)

DRV_LTR est le disque où est installé Qgis
OSGEO4W_ROOT est le répertoire où est installé Qgis
CONFIG_QGIS est le répertoire où on veut que Qgis enregistre sa config

Il suffit de créer un fichier .bat par versio installée. Au lancement il y a une fenêtre de commande qui s'affiche. On peut la fermer sans problème sans attendre la fin du chargement de Qgis.

Lionel