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Bonjour Benjamin
Il y a chez Geofabrik différents formats de fichiers disponibles. Les Shapefiles sont par nature incomplets.  Les fichiers PBF sont en revanche une bonne piste : ils contiennent l'intégralité des données OSM pour une emprise géographique donnée.

bonne exploration
vincent

Je rebondis sur l'intitulé "fiables et exhaustives d'OSM".
Votre question porte in fine sur le caractère complet de la donnée téléchargée (ce dont je dispose en local est le reflet de la base maître OSM), la réponse concernant l'emploi de l'export pbf est celle que j'aurais fournie dans ce cas.
L'intitulé "fiable et exhaustif" de votre question est, par contre, non satisfait.
La base OSM est caractérisée par la fiabilité et exhaustivité (sur votre thème d'intérêt) que la communauté des contributeurs y a injecté, ni plus ni moins.
OSM n'a pas de spécifications (ex, on doit trouver tel et tel thème, décrit de telle manière) stricto senso ; chacun est libre de mettre l'objet qui lui sied via des clés-valeurs, une convergence souhaitée vers les clé-valeurs reconnues/discutées existe (cf. wiki par exemple). Des outils facilitant cette convergence sont disponibles (LeBonTag par ex) mais rien n'est exigé.
OSM n'a pas de spécifications qualité, notamment sur l'exhaustivité (ex, il est exigé que la base contienne plus de 90% des bâtiments) ni de contrôle qualité (audit du respect de cette exigence). Il y a des outils pour juger, observer, diagnostiquer des omissions/commissions (ex Osmose)  mais rien n'est exigé.
OSM n'a pas de spécifications qualité, également sur la fraicheur. Oui, les objets tous neufs (ex, ouverture d'une autoroute, passage à 30km/h) sont rapidement présents mais le jardinage de l'entretien des objets existants (renommage suite à changement d'usage, de propriétaire, .... ; modification des caractéristique) dépend de l'implication de la communauté locale.
De cet argumentaire, OSM n'est pour moi pas nécessairement fiable ni exhaustif, rien ne le garantit (best effort de la communauté) au sens ISO/qualité.

Pardon, j'aurais du préciser mes propos. Je connais tout à fait la nature "participative" d'OSM, avec tous les défauts qui vont avec.
Quand je parle "d'exhaustivité", je veux dire que les données que je récupère (en vecteur) ne correspondent pas tout à fait au fond de plan raster d'OSM... ce que je trouve dommage et ce qui m'interroge !

Bonjour,
pour ma part, pour extraire des données sur des thématiques particulières et sur un secteur donné, j'utilise généralement :
https://overpass-turbo.eu/
et un export en geojson.

Justement la question d'origine signalait que QuickOSM ne récupérait pas toutes les données (qui sont dans OSM).

Vu qu'il me semble que QuickOSM s'appuie sur overpass, il faut peut être voir aussi à quoi ressemble la requête overpass qui est faite, il est possible qu'elle ne soit pas correcte et ne récupère donc pas tout ce qu'on voudrait.