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Merci beaucoup pour votre réponse qui m'a bien fait avancer. En fait je travail depuis un .wor complet, fait par mapinfo lors de l'enregistrement de mon document, je n'ai donc pas d'ID pour mes fenêtres. Comme vous me le proposé, j'ai donc modifié ce .wor complet pour y ajouter 2 variables qui récupèrent l'ID des fenêtres layout et Graph.

'pour la fenêtre Graphique
dim wGraph as integer
wGraph = WindowID(FrontWindow())
'pour la fenêtre mise en page
dim wLayout as integer
wLayout = WindowID(FrontWindow())

Ensuite dans le .wor que je lance via la fenêtre mapbasic ou un .mbx, je peux maintenant appeler ces fenêtres et carrément, je commence par les fermer. Le rafraichissement refuse toujours de fonctionner pour le graphique dans la mise en page.

Close window wLayout
close window wGraph

puis par copier coller du code depuis le .wor complet, je recréé ces deux fenêtres (en prenant bien soin de leur attribuer chacune les mêmes variables wGraph et wLayout pour pouvoir les fermer lors de la création de la carte suivante). Ce n'est pas du code super propre (les fenêtres se ferment et s'ouvrent) mais ça fonctionne bien : par un simple <Entrée> sur la ligne run Application "mon.WOR" de la fenêtre mapbasic, je met à jour ma mise en page et je l'exporte en png avec carte et graphique.

Je ne sais toujours pas pourquoi le graphique ne se rafraichi pas mais j'ai contourné le problème
Si besoin je mets le code complet de mon .wor qui ferme, recréé les fenêtres puis exporte la mise en page mais il est long ; c'est juste un copier coller d'une partie de celui créé par mapinfo + qq lignes ajoutées.

Merci pour ces conseils précieux je débute en mapbasic.

j'ai essayer comme vous proposez sans fermer les fenêtres, voir le code ci-dessous ça fonctionne mais le graphique ne se rafraichi que si je rafraichi le layout puis le graph puis de nouveau le layout ??? Si je fais comme proposé : rafraichissement graph puis layout ça ne suffit pas. Ce n'est pas grave, ça fonctionne bien et je n'ai plus les fenêtres qui se ferment et s'ouvrent, c'est plus propre. Ci-dessous le code commenté de mon .wor, cette fois bien simplifier, il servira peut-être. Merci bcp Maurice.
Je poursuis dans access pour faire les 300 cartes en un click : dans une boucle : mise à jour des données dans la table access via une requête sql avec des variables sur l'id du taxon puis, lancement du .wor ci-dessous. Mais j'ai qq soucis. Je refais un sujet pour la suite.

!Workspace
!Version 780
!Charset WindowsLatin1

'rafraichissement DBMS des 6 tables ou reqûetes sources se trouvant dans Access
    Server Refresh Carto_SP31Actu
    Server Refresh Carto_SP32Actu
    Server Refresh Qry_Donnees_SP
    Server Refresh Qry_semainesSP
    Server Refresh Qry_Legende_carto
    Server Refresh Qry_TotalObs

'redessiner la carte
    set map redraw on

'rafraichissement (les variables wGraph et wLayout de ces 2 fenêtres sont initialisées  dans le .wor complet du projet)
    Set Window wLayout front
    run menu command 610
    Set Window wGraph front
    run menu command 610
    Set Window wLayout front
    run menu command 610
    
 'récupération du nom de l'espèce dans le champ taxon de la table Qry_Donnees_SP
    Dim filetitle as string
    Fetch Rec 1 From Qry_Donnees_SP
    filetitle = Qry_Donnees_SP.taxon & ".png"

'export de la fenêtre mise en page en png
    save window Frontwindow() as "C:\Documents and Settings\Gil\Bureau\Carte_PACA\" & filetitle type "png" resolution "150"
    UnDim filetitle

Merci du suivi
Normalement run menu command fonctionne dans un WOR ! Je suis surpris, à moins que le numéro ait évolué...