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J'ai trouvé ceci (http://www.cerege.fr/IMG/pdf/PROC_SRTM.pdf) qui permet de résoudre le problème avec Spatial analyst:

Comblement des cellules isolées
Après cette opération certaines zones de montagneet de plaine sont occupées par des valeurs Nodata. Pour remplir ces valeurs, nous allons effectuer un lissage utilisant les valeurs des pixels voisins. Saisir dans la Calculatrice Raster :
con(isnull([INGRID]),focalmean([INGRID],rectangle,3,3),[ INGRID])
La fonction focalmean fait passer une fenêtre glissante dont la taille est définie par les deux derniers paramètres, ici 3*3.

Comblement des trous
Après cette opération certaines zones de montagneet de plaine sont occupées par des valeurs Nodata. Pour remplir ces valeurs, nous allons effectuer un lissage utilisant les valeurs des pixels voisins. Saisir dans la Calculatrice Raster :
con(isnull([INGRID]),[SRTM30],[ INGRID])
les valeurs Nodata sont alors remplacées par les valeurs du MNT SRTM30 correspondantes

Est-ce que quelqu'un sait si c'est possible avec 3D analyst ou même sans extensions?

gvSIG et le plugin sextante bien sûr

Sylvain