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tomax · Fri 18 November 2011 11:09

Bonjour,
J'ai une question, sans doute de débutant mais je n'ai pas trouvé de réponse adéquate dans les divers forums que j'ai consulté. J'ai une répartition de plusieurs centaines de points définis en XY correspondant à des objets issus d'une fouille archéologique. J'aimerais transformer le nuage de points que j'ai en un plan de densité, comme le fait par exemple de façon très simple le logiciel (malheureusement payant et PC…) Surfer. On peut facilement le transformer en grille avec des nuances de couleur, mais ce n'est pas vraiment ce que je veux. J'aimerais des lignes d'isodensités, à l'image des courbes de niveaux sur une carte topo. Quelqu'un aurait-il une idée ?
Merci d'avance

JRM · Fri 18 November 2011 11:50

Pourtant, à moins d'être dans un cas plus complexe, l'interpolation de tes points en une surface raster sur laquelle on a applique une palette classifiée de couleur reste la manœuvre la plus simple/rapide/parlante (menu Raster > Analyse > Grille). Tu peux ensuite créer des lignes de contours via menu Raster > Extraction > Création de contours.

MathieuR · Fri 18 November 2011 14:02

dans ton cas, il faudrait utiliser le logiciel R, sous QGIS parle biais du plugin SDA4pp.

Tu auras un raster d'intensité obtenu par la méthode des noyaux puis enfin, tu peux réaliser des courbes de niveaux comme le suggère JRM, pkoi pas

tomax · Fri 18 November 2011 14:07

OK merci beaucoup de vos réponses à tous les 2, je vais essayer ça. Mais, je coince dans Gdal qui ne fonctionne pas. Du coup, j'essaie d'installer QGis 1.7 (j'étais en 1.6), mais impossible, il ne s'ouvre même plus et plante au moment de le "reconstitution des extensions chargées"… J'essaie de résoudre ça avant de tester vos conseils. En tous les cas Merci !

MathieuR · Fri 18 November 2011 14:09

dans R, la fonction s'appelle tout simplement density

il y a aussi un logiciel gratuit qui le fait: crimestat et sans doute GeoDA

tomax · Fri 18 November 2011 14:11

yes, j'ai déjà manipuler ces fonctions dans R et dans CrimeStat, mais l'idée est aussi de savoir si il y a une manip interne à Qgis, plutôt que de passer par plusieurs logiciels.

JRM · Fri 18 November 2011 15:12

QGIS s'interface avec R et GRASS, ça te permet de retrouver les mêmes fonctions que Crimestat (Hmm archéo de passage par Orléans ?).

Mais honnêtement, si ton questionnement reste de l'ordre de la répartition par densité en plan de trous de poteau ou de type céramique la fonction d'interpolation du menu raster te suffira.

tomax · Fri 18 November 2011 15:52

Archéo oui mais pas sur Orléans, je suis sur Toulouse.
Je pense en effet que la solution que tu me proposes conviendra sans doute… dès que j'aurai réussi à faire fonctionner Gdal !! J'ai réussi à faire fonctionner Qgis 1.7, mon pb venait d'extensions qui faisaient planter. Maintenant la dernière version marche. Mais Gdal plante à chaque fois car j'ai un pb avec Python. Je pense que ça vient du fait que je suis passer à Mac Os X Lion récemment, et que je n'ai pas pensé à réinstaller les Xcode tools. J'espère que de les mettre fera fonctionner tout ça.

MathieuR · Fri 18 November 2011 16:39

ce n'est pas très compliqué sous R pour le calcul de la densité. Pour info, voici la manip':

Code:

library(rgdal)
library(maptools)
library(spatstat)

setwd("C:/")

pts <- readOGR(".", "pts_fouilles")
pts<- as(pts, "ppp")
dsty <- density(pts)
plot(dsty)

sous QGIS, l'idéal serait d'utiliser sda4ppp ou bien manageR

N'hésite pas pour toute question complémentaire

Dernière modification par baobazz (Fri 18 November 2011 16:40)

tomax · Mon 28 November 2011 17:25

Bon… après moultes péripéties dont un disque dur explosé et réinstallation complète du système, j'ai enfin un accès correct et fonctionnel au GDAL ! Je voulais tester la manière de procéder de JRM, mais n'arrive au final qu'à un gros carré de couleur unie ! Je ne configure donc pas correctement mes paramètres dans Raster > Analyse > Grille probablement. JRM, si tu as un peu de temps pour m'expliquer la marche à suivre depuis une couche vecteur de points XY (de type "points.shp") jusqu'aux courbes de niveaux, ce serait super ! Merci beaucoup d'avance.

JRM · Tue 29 November 2011 08:50

quand tu parles de gros carré de couleur unie, as-tu vérifié qu'il ne s'agissait pas simplement d'un manque de classification ? Essaye de définir le style de ce raster à 1 bande à "Pseudo-couleur".

tomax · Thu 01 December 2011 12:22

En fait, j'y suis à peu près arrivé. Voilà ce que j'ai fait :
- je pars de mon fichier (vecteur) points_XY
- je compte le nb de points par carré de ma couche carroyage (grille de 1x1 m), j'obtiens une couche vecteur "densité.shp" avec mes carrés coloriés en fonction de la densité
- puis je rasterise cette couche qui devient "densité_rast"
- puis c'est sur cette couche que je fais "extraction -> créer des contours" avec un champ "dens" en champ descriptif, j'obtiens alors une couche de vecteurs lignes "densité_contours.shp"
- puis je transforme ces lignes en polygones et les classes selon mon champ "dens" pour avoir des niveaux de couleur.

Tout cela me parait franchement pas mal, si tant est que je suive la bonne démarche !!, et le résultat est propre. Le seul point encore un peu négatif c'est que mes contours sont des lignes brisées plutôt que des courbes : existe-t-il une commande de lissage des courbes éventuellement au moment de la création des contours ?
En tous les cas, merci beaucoup JRM, ta technique marche impec ! J'essaierai la technique via R n peu plus tard.

Yves · Thu 01 December 2011 12:52

Bonjour Tomax,

Peux tu choisir la résolution de ton fichier Raster lors de sa création ?

Y.

tomax · Thu 01 December 2011 13:20

Je pense que la résolution du raster est directement liée au pas de la grille choisie, mais ce serait à tester. Je vais faire des essais ces jours-ci, je te tiens au courant

Yves · Thu 01 December 2011 13:48

Bonjour,

Je ne pense pas. GRASS permet de choisir la résolution. Si la résolution est élevée, la "finesse" des contours sera plus importante.

Y.

JRM · Fri 02 December 2011 09:06

tomax > ce qui me chiffonne dans ta démarche c'est l'utilisation de ton carroyage pour créer la grille matricielle si tu es dans une situation d'aire ouverte (et pas dans un système wheeler avec conservation de bandes), en procédant de cette manière tu prends le risque de passer à côté de zone de concentration inférieure à ton pas de 1x1m ou lorsque les points de la concentration sont répartis sur les limites de 2 carrés dont le total de densité est très différent.

tomax · Fri 02 December 2011 09:21

Ta remarque est pertinente et j'obtiens en effet des résultats un peu étranges à certains endroits, notamment pour des concentrations de faible taille à cheval sur deux m2 comme tu le dis. J'ai également essayé en créant une grille vecteur autre que le carroyage, notamment de résolution plus fine (pas de 0,5 m et de 0,25 m), mais d'une part ça fait planter Qgis 4 fois sur 5 (la surface totale à traiter est d'environ 100 m sur 100 et 9900 objets au total), et d'autre part les résultats ne semblent pas sensiblement différents, voir moins bons. Dans ton premier message, tu parlais d'une interpolation des points XY directement en raster, étape que je ne suis pas sûr de comprendre : en fait, tu rasterises (si j'ose dire…) ta couche shp avec les points projetés directement, c'est ça ?

JRM · Fri 02 December 2011 09:39

Oui, QGIS te le permet via Raster>Analyse>Grille ou l'extension d'analyse terrain avec des algos que tu auras déjà croisé sous CrimeStat (pondération par distance inversée IDW), les extension GRASS et SAGA permettent d'utiliser plein d'autres algorithmes (mon préféré étant v.surf.rst).

Pour rappel, ne jamais partir d'algo de type TIN pour ce type d'analyse.

MathieuR · Fri 02 December 2011 09:59

pour le carroyage, il y aussi la nouvelle extension QMarxan qui fait exactement cela. En plus, on peut avoir un rendu sous forme de nids d'abeilles, ce qui est plus esthétique que les traditionnels carrés.

Le calcul de la densité par la méthode des noyaux telle que réalisable sous R avec spatstat procède de manière différente au niveau mathématique par rapport au carroyage et l'interpolation.

Carroyage ou densité? A toi de voir.

Par contre, il me semble "dangereux" d'effectuer une interpolation sur la base de ton carroyage. La fonction density de spatstat sous R convient bien mieux dans ce cas si tu souhaites un raster. Sur la base de ce dernier, tu pourras alors créer des courbes de niveau, pourquoi pas.

Dernière modification par baobazz (Fri 02 December 2011 11:22)

bebert_lama · Fri 27 April 2012 10:28

Bonjour à tous,

je cherche à produire une carte de densité de points avec R.
Je débute avec R, et je suis sur ubuntu.
=> L'objectif est de reproduire des résultats semblables à l'outil ESRI : Artctoolbox/ Outils Spatial Analyst/ Densite/ Densite de point

1> je ne sais pas quelle fonction utiliser ou si cela est possible ?
2> Je n'arrive pas à installer la librairie spatstat recommandée ci-dessus...

message : package ‘spatstat’ is not available (for R version 2.13.1)

Merci de vos recommandations.

jack tippit · Fri 27 April 2012 11:05

Bonjour,
Il y a un plugin pour faire de l'interpolation dans qgis, mais tu peut aussi installer le plugin SDA4PP avec les explication suivantes
http://www.portailsig.org/content/qgis- … gin-sda4pp qui fait une liaison graphique entre R et Qgis
bon courage

Dernière modification par jack tippit (Fri 27 April 2012 11:06)

bebert_lama · Fri 04 May 2012 17:43

Bonjour,

merci de ta réponse, pour le moment je veux simplement utiliser R, et l'installation de SDA4PP dans QGIS me demande la librairie spatstat, bref presque tout le plugin est grisé...

j'ai changé de méthode, je ne convertit plus le raster en points je reste en raster, et j'ai le même objectif (faire une carte de densité),
cette fois je veux l'équivalent de la fonction ArcGIS : Artctoolbox/ Outils Spatial Analyst/Voisinage / Statistiques focales...

j'ai en entrée un raster binaire, soit valeurs 1, soit valeurs nulles. En gros cela me parait assez simple mais j'ai du mal à trouver la fonction R.
J'aimerais passer une fenêtre glissante de 100*100m sur mon raster et attribuer la somme des cellules...

Quelques belles illustrations pour le principe...
http://help.arcgis.com/fr/arcgisdesktop … 00r7000000

Je suis bien sûr preneur de toute autre méthode.
Merci de votre aide

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