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Rencontres QGIS 2025

L'appel à participation est ouvert jusqu'au 19 janvier 2025!

#1 Tue 12 June 2012 18:11

Nicolas_SIG
Participant occasionnel
Date d'inscription: 10 Jun 2012
Messages: 14

QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Bonjour,

Comme beaucoup j'imagine, je ne parviens pas à installer le logiciel R dans QGIS sous Windows. Il y a visiblement un souci avec RPY2, la passerelle n'est a priori pas établie.

Est ce quelqu'un connait la procédure pour parvenir à réaliser l'installation ? pourrait-m'aider?

Merci par avance pour vos réponses


Nicolas

Dernière modification par Nicolas_SIG (Tue 12 June 2012 18:11)

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#2 Tue 12 June 2012 20:03

FERNANE
Participant actif
Date d'inscription: 14 Sep 2005
Messages: 139

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Bonjour,

installer le plugin sextante
installer le plugin panel pressing / processing panel dans QGIS

installer une version de R sur votre poste

Dans qgis activer le processing panel.

dans le menu sextante, voir la configuration des chemins des scripts des
différents outils OPEN SOURCE qui peuvent être utilisés
déplier R sur une des lignes à droite (invisible par défaut), mais dès
que l'on déplace la souris, une case vide apparait ou l'on peux coller
une copie du chemin où se trouve l'application R.

cordialement,

Béatrice FERNANE

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#3 Tue 12 June 2012 21:29

Nicolas_SIG
Participant occasionnel
Date d'inscription: 10 Jun 2012
Messages: 14

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Bonsoir Béatrice,

Merci infiniment pour ta réponse et ta solution. Tout les chemins sont renseignés, même SAGA, génial !!!

Par contre il y a semble t il un problème avec le code python lorsque je fais un zonal stat :

Une erreur est apparue lors de l'exécution du code python :

Traceback (most recent call last):
  File "C:\PROGRA~1\Quantum GIS Wroclaw\apps\qgis\python\plugins\sextante\gui\ParametersDialog.py", line 160, in accept
    SextanteLog.addToLog(SextanteLog.LOG_ALGORITHM, command)
  File "C:\PROGRA~1\Quantum GIS Wroclaw\apps\qgis\python\plugins\sextante\core\SextanteLog.py", line 35, in addToLog
    text = str(msg).replace("\n", "|")
UnicodeEncodeError: 'ascii' codec can't encode character u'\xe9' in position 126: ordinal not in range(128)


Version de Python :
2.7.3 (default, Apr 10 2012, 23:31:26) [MSC v.1500 32 bit (Intel)]


Version de QGIS :
1.7.4-Wroclaw Wroclaw, 411aff6

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#4 Wed 13 June 2012 09:42

Robin
GeoRezo forever
Lieu: France
Date d'inscription: 31 Aug 2005
Messages: 13614
Site web

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

installer le plugin sextante


Etrange, je ne le trouve pas dans le liste des plugins, ferais-je fausse route ? C'est bien dans "installateur d'extensions python" en principe ?

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#5 Wed 13 June 2012 10:00

Nicolas_SIG
Participant occasionnel
Date d'inscription: 10 Jun 2012
Messages: 14

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Bonjour,

Il faut aller le chercher sur cette page : http://plugins.qgis.org/plugins/sextante/

Tu télécharges le plugin, tu le décompresse dans le dossier QGIS/apps/
Tu copies le lien  http://sextante.googlecode.com/svn/trunk/ dans la boite de dialogue installateur d'extensions python dans QGIS

Pour moi ça a fonctionné comme ça

Par contre je ne parviens pas à faire fonctionner le plug SAGA j'ai sans cesse une erreur global name 'false' is not defined ou erreur lors de l'exécution du code python pour certains modules...

AAHHHH si mon voisin pouvait maîtriser QGIS et me donner des cours du soir.... je me coucherais moins tard.

Si quelqu'un à une idée...

Nicolas

Dernière modification par Nicolas_SIG (Wed 13 June 2012 10:00)

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#6 Wed 13 June 2012 12:05

Robin
GeoRezo forever
Lieu: France
Date d'inscription: 31 Aug 2005
Messages: 13614
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Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Rien en vue, ni via l'installateur de plugin, ni en copiant dans apps.

Pourtant j'ai bien tout décompressé ici :
C:\Program Files\Quantum GIS Wroclaw\apps\sextante
Windows 7 + QGIS  Version Wroclaw assemblée depuis la V. 63ecdd7 du code.

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#7 Wed 13 June 2012 12:31

Nicolas_SIG
Participant occasionnel
Date d'inscription: 10 Jun 2012
Messages: 14

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

oups, alors c'est peut être là qu'il faut mettre le fichier décompressé (de mémoire)

   C:\Program Files\Quantum GIS Wroclaw\apps\qgis\python\plugins

Il faut penser à activer sextrant dans le gestionnaire d'extensions

Nicolas

Dernière modification par Nicolas_SIG (Wed 13 June 2012 14:27)

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#8 Wed 13 June 2012 14:20

Robin
GeoRezo forever
Lieu: France
Date d'inscription: 31 Aug 2005
Messages: 13614
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Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Ca marche, je vois les outils ! Pour ceux qui suivent mes traces, il faut penser à activer l'extension (Menu Extensions/ Gestionnaire d'extensions).
Merci et désolé de cette incursion dans ce fil, je regarde à présent pour installer R smile

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#9 Wed 13 June 2012 14:28

Nicolas_SIG
Participant occasionnel
Date d'inscription: 10 Jun 2012
Messages: 14

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Et si quelqu'un arrive à faire fonctionner saga par QGIS je suis VRAIMENT PRENEUR

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#10 Wed 13 June 2012 14:48

Robin
GeoRezo forever
Lieu: France
Date d'inscription: 31 Aug 2005
Messages: 13614
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Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Pour Saga, tu l'as bien installé à part ?

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#11 Wed 13 June 2012 15:06

Nicolas_SIG
Participant occasionnel
Date d'inscription: 10 Jun 2012
Messages: 14

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

installé sur mon poste ou dans QGIS ?

Sur mon poste (win) il tourne sans avoir besoin d'être installé (a priori), je le lance par l'icône SAGA_GUI.exe

Il y a une autre procédure d'installation ?

Dernière modification par Nicolas_SIG (Wed 13 June 2012 15:17)

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#12 Wed 13 June 2012 16:58

Robin
GeoRezo forever
Lieu: France
Date d'inscription: 31 Aug 2005
Messages: 13614
Site web

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Donc à priori, dans le menu 'Analysis", tu cherches "SEXTANTE options and configuration", tu cherches SAGA puis SAGA Folder, et là tu y mets le chemin vers l'exécutable (ex : C:\Program Files\SAGA_GIS)

J'ai fait quelques test sur des outils au hasard, ça semble marcher.

EDIT : /!\ attention de bien mettre des anti-slash ! /!\

Dernière modification par Robin (Tue 17 March 2015 12:04)

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#13 Thu 14 June 2012 09:41

FERNANE
Participant actif
Date d'inscription: 14 Sep 2005
Messages: 139

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Bonjour,

Il faut télécharger le logiciel open source "R" et l'installer
normalement (pas dans Quantum Gis).

Ensuite, dans le menu de sextante plugin activé dans QGIS, il faut
mettre le chemin du programme R
Exemple de chemin du programme R : "C:\program files\R\R-2.14.1\bin"
chemin = folder dans le menu sextante
une case vide apparait sur la droite lorsque l'on passe le curseur.

Ensuite, vous pouvez essayer les fonctions de r visibles avec le panel
processing activé.

Je n'ai pas tout essayé, j'ai installé plusieurs éléments.

PS : les plugins ne se mettent plus dans le programme quantum gis mais
dans le profil de votre poste en plateforme windows pour les nouvelles
versions. Voir le repertoire ".qgis"

cordialement,

Béatrice FERNANE

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#14 Thu 14 June 2012 09:44

FERNANE
Participant actif
Date d'inscription: 14 Sep 2005
Messages: 139

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

bonjour,

Résumé :

Sous windows, sextante est un plugin que l'on installe dans ".qgis". et
non pas dans les apps.
voir dans le profil du poste.

voir dans le menu sextante installé le sous-menu options et
configuration, il permet de brancher sur les applications open source
installées indépendemment de quantum gis. (R, Orpho tool box, SAGA, )

Ensuite, on peut essayer les fonctions qui apparaissent sous forme
d'arborescence dans le processing panel (un autre plugin)

liste des dépôts à brancher dans l'installateur d'extension :
http://sextante.googlecode.com/svn/trunk/
http://www.faunalia.it/qgis/plugins.xml
http://pyqgis.org/repo/contributed
http://gis-lab.info/programs/qgis/qgis-repo.xml
etc..

Ensuite, j'ai essayé d'utiliser un outil de saga (fonction simple), mais
avant, j'ai séparé en raster une bande, mon image de télédétection à
plusieurs canaux.
J'ai obtenu une image résultat (sans intérêt) il s'agissait d'un essai
technique de vérification du fonctionnement. Je peux dire ça fonctionne.
Ensuite, il faut faire attention aux paramètres. Il faut donc avoir la
doc saga pour savoir où l'on va.
J'ai quand-même eu un message / saga cmd

Pour avoir des images simples d'une image multicanal j'ai utilisé la
calculatrice raster. il suffit de demander en résultat une bande.

Le plugin raster calc

cordialement,

Béatrice FERNANE

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#15 Thu 14 June 2012 14:16

Ferraton
Participant actif
Date d'inscription: 13 Sep 2005
Messages: 104

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Bonjour,

j'ai installé R à partir de R-2.15.0-win.exe téléchargé sur http://cran.cict.fr/bin/windows/base/R-2.15.0-win.exe
j'ai suivi les autres instructions pour installer le plugin sexante.
J'ai indiqué le chemin (voir PJ) dans le plugin SEXANTE (j'espère qu'il n'y a pas de pb avec les / ou \) !

Je lance par example le script 'create regular sampling grid' -> Une boite s'ouvre pour m'indiquer 'Could not layer...check the sexante log...'
dans les Log je visualise les INFO et je vois systématiquement :
'library("rgdal")
Erreur dans library("rgdal") : aucun package nommé 'rgdal' n'est trouvé
Exécution arrêtée'

Du coup j'ai utilisé RGUI disponible sous  D:\Program Files\R\R-2.15.0\bin\i386 (dépend du répertoire d'installation) et la fonction 'packages -> installer les packages depuis des fichiers zip' j'ai indiqué successivement sp_0.9-99.zip et rgdal_0.7-11.zip disponible sous http://cran.r-project.org/web/packages/ … _name.html
j'obtiens maintenant si je tape library ('rgdal') directement dans RGUI

"Le chargement a nécessité le package : sp
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 1.9.0, released 2011/12/29
Path to GDAL shared files: D:/Program Files/R/R-2.15.0/library/rgdal/gdal
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.7.1, 23 September 2009, [PJ_VERSION: 470]
Path to PROJ.4 shared files: D:/Program Files/R/R-2.15.0/library/rgdal/proj
"
Ce qui semble indiquer que maintenant il trouve bien rgdal...

Par contre j'ai toujours le même pb quand je cherche à éxecuter les scripts sous le plugin sexante...(aucun package nommé 'rgdal' n'est trouvé)

Une idée ?

Cordialement


Fichier(s) joint(s) :
Pour accéder aux fichiers vous devez vous inscrire.

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#16 Thu 14 June 2012 15:10

Cornet Jérémie
Participant assidu
Lieu: Nouméa
Date d'inscription: 6 Apr 2008
Messages: 229

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Bonjour,
Pour installer sextante et de nombreux autres plugins, il faut ajouter le futur dépôt officiel de plugins utilisateurs :
http://plugins.qgis.org/plugins/plugins.xml
Il sera dispo nativement dans les versions >= 1.8 mais il faut le rajouter manuellement dans les versions < 1.8.

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#17 Fri 15 June 2012 16:32

FERNANE
Participant actif
Date d'inscription: 14 Sep 2005
Messages: 139

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Bonjour,

Le package RGDAL que vous devez télécharger est à décompresser dans le
dossier apps sous quantum gis dans program files.

cordialement,

Béatrice FERNANE

Hors ligne

 

#18 Fri 15 June 2012 16:33

FERNANE
Participant actif
Date d'inscription: 14 Sep 2005
Messages: 139

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Bonjour,

Merci pour l'information,

Je dois cependant signaler qu'une mise à jour de sextante provoque un message d'erreur.

La bonne version de sextante sur mon poste est la version 1.0.3

voir : http://plugins.qgis.org/plugins/sextante/

cordialement,

Béatrice FERNANE

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#19 Fri 15 June 2012 17:05

Robin
GeoRezo forever
Lieu: France
Date d'inscription: 31 Aug 2005
Messages: 13614
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Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Beatrice, je pense que tu peux installer la v 1.0.5 qui est référencée comme stable et datant du 8 mai dernier (contrairement aux autres qui sont annotées comme expérimentales) :

1.0.5     no     1.0     1444     volayaf     May 8, 2012, 5 a.m.


Le lien vers les plugins utilisateurs fonctionne nickel, merci Jérémie.

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#20 Tue 19 June 2012 14:41

FERNANE
Participant actif
Date d'inscription: 14 Sep 2005
Messages: 139

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Bonjour Robin,

Je l'ai fait. Mais ce plugin ne fonctionne pas sur mon installation. J'ai du remettre la version 1.0.3

Je réessayerai un peu plus tard lorsque les versions auront changé à moins que je trouve pourquoi cela bloque sur le python.

cordialement,

Béatrice FERNANE.

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#21 Tue 19 June 2012 16:20

B.Arnaud
Participant occasionnel
Date d'inscription: 13 Jan 2011
Messages: 19

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Bonjour Nicolas_SIG,
J'ai suivi l'ensemble du fil de discussion, ce qui m'a permis d'installer Sextante.
Néanmoins, je suis confronté au même problème que toi...

As tu résolu ton problème concernant l'utilisation de SAGA? Si oui, est-il possible de connaitre la manipulation a effectuer?

Merci

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#22 Thu 21 June 2012 13:58

Nicolas_SIG
Participant occasionnel
Date d'inscription: 10 Jun 2012
Messages: 14

Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

Bonjour,

Il semble en effet qu'il y ait des problemes de compatibilité entre versions QGIS, SAGA, PYTHON,... donc j'ai laissé tomber l'intégration de saga dans QGIS.  GRASS fonctionne assez bien.
J'utilise SAGA indépendamment de plus en plus et QGIS de moins en moins si ce n'est pour la compilation des cartes pour impression.

Quand j'aurai un peu de temps je retenterai une intégration avec les bonnes versions..

Bon courage

Dernière modification par Nicolas_SIG (Thu 21 June 2012 13:58)

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#23 Thu 21 June 2012 15:22

Robin
GeoRezo forever
Lieu: France
Date d'inscription: 31 Aug 2005
Messages: 13614
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Re: QGIS (Windows) : Installer R (et les stats)

j'ai laissé tomber l'intégration de saga dans QGIS.


A propos, sans passer par Sextante, il semble qu'il y ait aussi un plugin pour intégrer SAGA dans QGIS : http://hub.qgis.org/wiki/17/SAGA_Toolbox_for_QGIS

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