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#1 Fri 08 August 2014 10:38

Marlene30
Juste Inscrit !
Date d'inscription: 22 Apr 2013
Messages: 7

QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Bonjour,

J'aimerais pouvoir utiliser R (outils de traitement) directement dans QGIS, ce qui est faisable avec la version QGIS 2.4.0.
Après avoir tapé mon nouveau R script dans QGIS et enregistré dans “~/.qgis2/sextante/rscripts” (infos prisent sur ce site : https://conservationecology.wordpress.c … -sextante/), lorsque je lance le script, une fenêtre "Missing dependency" apparait :

Missing dependency.This algorithm cannot be run :-(
This algorithm requires R to be run.Unfortunately, it seems that R is not installed in your system, or it is not correctly configured to be used from QGIS
Click here to know more about how to install and configure R to be used with QGIS


... bien que les logiciels R et/ou R Studio (dernières versions) soient ouverts.

NB : Il y a également des explications sur ce site, dans le chapitre "R. Creating R scripts" : http://docs.qgis.org/2.0/fr/docs/user_m … Party.html, mais de toute façon je bloque dès le début puisque le R script ne se lance pas.

Savez-vous comment faire tourner les R scripts dans QGIS ?

Merci d'avance.

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#2 Fri 08 August 2014 11:11

MathieuR
Membre
Lieu: aix-en-provence
Date d'inscription: 16 Feb 2009
Messages: 1690
Site web

Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Bonjour,

Ce lien vous aidera peut-être
http://datagistips.blogspot.fr/2012/08/ … t-for.html

Avez-vous bien configuré dans QGIS le chemin vers le programme R ?


geodata au cerema et petits billets en géomatique

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#3 Fri 08 August 2014 11:12

Leyan
Participant assidu
Date d'inscription: 14 Oct 2013
Messages: 160

Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

As-tu configuré le chemin vers R dans QGis ? Il faut dire à QGis où tu as installé R pour qu'il puisse l'appeler. Cela se fait dans Processing->Options and configuration (en français celui doit être Traitement->Options et configuration ou un truc comme ça). Dans provider, tu peux choisir "R script" et là il faut l'activer et mettre les bons dossiers.

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#4 Tue 04 November 2014 17:10

cybernar
Participant occasionnel
Lieu: Montpellier
Date d'inscription: 11 Mar 2009
Messages: 13

Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Bonjour Marlène,
je rencontrais le même problème que toi et je pense avoir trouvé la réponse.

Comme le disait Leyan, il faut configurer le chemin d'accès de R dans le menu 'Traitements / Options' puis 'Prestataires de service'. Mais en plus il y a une subtilité concernant le chemin d'accès sur Windows.

a) Si ton R est installé dans 'C:\Program Files\R\xxx.', il faut indiquer 'C:\Progra~1\R\xxx.' (autrement dit le nom au format 8.3 MSDOS)
b) Il ne faut pas indiquer le chemin complet du .exe, mais le nom du répertoire qui contient bin, doc, library, etc.

Sur mon poste (Win 7 64 bits avec QGIS 2.6 64 bits et R 3.1.1 64 bits) cela donne les options suivantes :
- Activer : OUI
- R Scripts folder : C:\Users\bernard\.qgis2\processing\rscripts
- R folder : C:\Progra~1\R\R-3.1.1
- Use 64 bit version : OUI

Cyril


Cyril BERNARD
CEFE-CNRS (UMR 5175)

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#5 Wed 05 November 2014 09:19

MathieuB
Membre du bureau
Lieu: Montpellier
Date d'inscription: 18 Jan 2006
Messages: 1229
Site web

Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Bonjour Cyril et merci pour le suivi.


Mathieu BOSSAERT
Association GeoRezo

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#6 Sat 22 November 2014 15:34

mathmaroc
Participant actif
Date d'inscription: 20 Mar 2013
Messages: 103

Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Bonjour,


J'ai bien configuré le chemin vers R dans QGIS 2.0 comme indiqué dans les réponses précédentes :

"Sur mon poste (Win 7 64 bits avec QGIS 2.6 64 bits et R 3.1.1 64 bits) cela donne les options suivantes :
- Activer : OUI
- R Scripts folder : C:\Users\bernard\.qgis2\processing\rscripts
- R folder : C:\Progra~1\R\R-3.1.1
- Use 64 bit version : OUI"

Mais je n'arrive pas à insérer le scriptMap2000.R qui provient du lien suivant :

https://github.com/ElCep/bazaRd/tree/ma … laide_wine


Si une bonne âme pouvait m'indiquer la démarche à suivre...

Sinon, j'ai essayé de faire des jointures pour réaliser une carte avec les données fournies sans passer par le script R, mais là aussi, je sèche totalement.

Désolé si ma question vous semble imprécise ou mal formulée ; et encore merci par avance pour vos réponses éventuelles.

mathmaroc


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#7 Sat 22 November 2014 16:36

mathmaroc
Participant actif
Date d'inscription: 20 Mar 2013
Messages: 103

Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Re-bonjour,

Pas de réponse = mauvaise question...

DONC, j'ai trouvé cette autre indication pour exécuter mon script R dans QGIS mais toujours sans succès (voir en pj).

"Bien que vous ne pouvez pas simplement exécuter un script R directement, vous pouvez créer un .rsx fichier soit dans un éditeur ou directement avec la boîte à outils SEXTANTE et l'utiliser."

Si quelqu'un pouvait me dépanner..

mathmaroc


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#8 Sat 06 December 2014 16:41

mathmaroc
Participant actif
Date d'inscription: 20 Mar 2013
Messages: 103

Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Bonjour,

J'ai bien réussi à faire tourner des scripts R dans QGIS 2.0, mais toujours pas le scriptMap2000.R qui provient du lien suivant :

https://github.com/ElCep/bazaRd/tree/ma … laide_wine


Voici le message d'erreur que je reçois (voir en pj).


DONC, si un membre de ce forum pouvait me préciser le problème que je rencontre et comment le résoudre, ça serait formidable...

Merci pour votre patience,

Mathmaroc


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#9 Thu 11 December 2014 12:32

mathmaroc
Participant actif
Date d'inscription: 20 Mar 2013
Messages: 103

Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Bonjour à tous,


Pas de réponse = très mauvaise question...

Bon, j'ai laissé tomber le scriptMap2000.R...et, en bidouillant, je suis quand même arrivé à un "résultat" (voir en pj), mais c'est beaucoup plus long et je dois encore retaper les noms des cépages avec le plugin Table manager !!

Bref, si par hasard un membre du forum pouvait me donner une piste pour faire tourner ce script..."Apparemment", le problème viendrait plutôt du  code Pyton [TypeError: cannot concatenate 'str' and 'NoneType' objects], mais je n'ai pas les connaissances nécessaires pour décrypter le message d'erreur (voir mon message précédent).

Bonne journée et merci pour votre réponse éventuelle,

Mathmaroc

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#10 Fri 12 December 2014 10:36

mathmaroc
Participant actif
Date d'inscription: 20 Mar 2013
Messages: 103

Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Oups !!!

Avec le fichier Wine_adelaide_1.ods, ce sera mieux. Désolé le .dbf était trop volumineux.

Bonne journée,

Mathmaroc


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#11 Mon 15 December 2014 13:39

Robin
GeoRezo forever
Lieu: France
Date d'inscription: 31 Aug 2005
Messages: 13614
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Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Pas de réponse = très mauvaise question...


Pas forcément. Perso je ne m'y suis pas encore mis, mais ça ne saurait tarder.

Pour l'instant, et pour être franc, je regarde si quelqu'un vous répond pour savoir si c'est possible de faire tourner n'importe quel script sous QGIS dans R ou si ça reste de l'affichage sexy mais buggué comme ça arrive parfois.

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#12 Mon 15 December 2014 22:47

mathmaroc
Participant actif
Date d'inscription: 20 Mar 2013
Messages: 103

Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Merci tout d'abord pour votre réponse,

Mis à part ce script sur lequel je bloque (très certainement par ignorance), j'ai pu faire tourner d'autres scripts de R comme celui mentionné par cet autre lien :

http://geotribu.net/node/719

Ici, pas de pb, j'ai pu réaliser la carte des élections municipales de Limoges avec R en suivant la méthode pas à pas (ne pas oublier de bien configurer le chemin d'accès de R dans le menu 'Traitements" de QGIS 2.0 et d'installer les packages nécessaires au bon fonctionnement du script..).

Sinon, est-ce vraiment efficient ???  En tout cas, si j'avais pu faire marcher le scriptMap2000.R, cela m'aurait évité quelques petites manipulations.
Maintenant, il y a certainement d'autres solutions pour aboutir à ce résultat. Mais, je n'ai pas de compétences en la matière ; et c'est en lisant régulièrement les solutions apportées par les membres de ce forum que j'apprends petit à petit les rudiments de QGIS.

Encore un grand merci à GEOREZO pour votre aide !!!

Mathmaroc

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#13 Tue 16 December 2014 10:23

MathieuR
Membre
Lieu: aix-en-provence
Date d'inscription: 16 Feb 2009
Messages: 1690
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Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Bonjour,

@mathmaroc : tout d'abord, il faut se poser la question de l'intérêt que présenterait de faire tourner votre script R sous QGIS.

L'intérêt c'est de pouvoir offrir à d'autres utilisateurs une fonction rapidement exécutable au sein de leur environnement de travail, QGIS en l'occurrence, sans qu'ils n'aient à connaître le langage R.

Un autre serait de pouvoir chaîner cette fonction au sein d'un modèle Sextante.

Si vous êtes seul à utiliser ce script et que vous n'avez pas besoin de chaînage, l'intérêt me semble somme toute assez limité. Dans un tel cas, ne serait-il pas plus simple de l'exécuter dans l'environnement natif du langage (logiciel R) plutôt que de l'encapsuler sous QGIS ?


geodata au cerema et petits billets en géomatique

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#14 Wed 17 December 2014 01:19

mathmaroc
Participant actif
Date d'inscription: 20 Mar 2013
Messages: 103

Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Bonsoir,

Oui, effectivement, on peut faire tourner le script R directement "dans l'environnement natif du langage (logiciel R)" mais il faut alors insérer les données sur lesquelles va travailler le script R, c'est-à-dire dans mon cas des fichiers.csv...Voir le message d'erreur suivant généré par le logiciel R lorsque je lance le script  : "Error: object 'data2000' not found".

L'intérêt avec QGIS, c'est (je crois) de visualiser le résultat cartographique en utilisant un seul logiciel.


Quant à votre solution qui consiste à "pouvoir chaîner cette fonction au sein d'un modèle Sextante" cela reste très abstrait pour moi.


En tout cas, merci d'avoir pris la peine de me répondre. Et encore désolé de prendre sur votre temps avec mes questions de néophyte.


Mathmaroc

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#15 Thu 18 December 2014 17:34

MathieuR
Membre
Lieu: aix-en-provence
Date d'inscription: 16 Feb 2009
Messages: 1690
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Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Bonjour Mathmaroc,

il faut dissocier ce qui relève du langage R de ce qui relève du logiciel QGIS dans lequel vous souhaitez intégrer votre script.

Une question tout d'abord : maîtrisez-vous le langage R ? Si tel n'est pas le cas, au vu du script que vous souhaitez intégrer (notamment de sa longueur), cela ne m'étonne pas que vous éprouviez des difficultés à le faire tourner.

Dans un premier temps, je vous conseillerais de contrôler votre script, son bon fonctionnement sous l'environnement natif, après quoi vous pourrez le tester sous QGIS, mais en y allant pas à pas.

L'erreur que vous obtenez
'data2000' not found
signifie que l'objet n'a pas été trouvé.

Dans votre script, vous injectez le contenu d'un fichier dans cette variable :
setwd("~/github/bazaRd/adelaide_wine/")
data2000<-read.csv("data/csv/national_2000.csv",head=TRUE,sep=",",skip=1)
D'où une question : le fichier se trouve-t-il bien à l'endroit indiqué ? Il est probable que non..

Le Sextante Modeler permet d'enchaîner plusieurs tâches, dont certaines proviennent de la boîte à outils Sextante.


geodata au cerema et petits billets en géomatique

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#16 Fri 19 December 2014 12:07

mathmaroc
Participant actif
Date d'inscription: 20 Mar 2013
Messages: 103

Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Bonjour Mathieu,


Non, je ne maîtrise pas le langage R, mais j'avais en gros saisi la signification du message d'erreur, à savoir que l'objet "data2000" n'était pas trouvé. En revanche, je n'avais pas compris que le pb provenait du chemin d’accès : setwd("~/github/bazaRd/adelaide_wine/").
Je croyais que le souci était lié au nom du fichier "data2000" qui ne correspondait pas à celui de "national_2000.csv"...(OUPS !!).

DONC, dois-je repréciser au logiciel R le chemin d’accès ? Et, si oui, est-ce à partir du dossier "bazaRd/adelaide_wine" qui se trouve sur mon ordinateur ?

Sinon, je vais voir du côté de l'outil Sextante Modeler :

http://sigea.educagri.fr/tutoriels-de-l … -qgis.html

Autre petite précision : en bidouillant, j'ai malgré tout réussi à faire une jointure des fichiers (sans passer par R : voir le fichier .ods envoyé en pj dans mes messages précédents), mais je me suis retrouvé ensuite avec des champs string, ce qui ne permet pas de faire une discrétisation avec la fonction symbole gradué dans QGIS. Là-aussi, j'ai contourné le pb de façon très empirique (en ajoutant une ligne de chiffres au dessus de ma ligne de nom de cépages, puis en enregistrant à nouveau mon fichier..), car je me voyais mal utiliser la solution suivante vu le nombre de champs à modifier :

En 2 mouvements --> Calculette pour modifier la virgule par un point -> replace("ChampString, ',', '.')
Puis toujours dans la calculette -> "Créer un nouveau champ" puis tu choisis les caractéristiques du nouveau champ.
Enfin -> toreal("champs_string").


Merci encore pour toutes ces indications et bonne journée,


mathmaroc

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#17 Mon 29 December 2014 09:54

MathieuR
Membre
Lieu: aix-en-provence
Date d'inscription: 16 Feb 2009
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Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Bonjour,

Il faut bien entendu préciser où se trouve le fichier csv en entrée.

Code:

f <- read.csv([votrechemin]/fichier.csv)

ou bien

Code:

setwd([votrechemin])
f <- read.csv(fichier.csv)

Sous R, pour convertir String en Integer :

Code:

as.integer([chainedecaracteres])

Mais la classe factor est différente. Dans ce cas, il faut faire :

Code:

as.integer(as.character(chainedecaracteresFacteur))

geodata au cerema et petits billets en géomatique

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#18 Sat 03 January 2015 12:51

mathmaroc
Participant actif
Date d'inscription: 20 Mar 2013
Messages: 103

Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Merci beaucoup Mathieu,

C'est exactement ce dont j'avais besoin...


En vous souhaitant, ainsi qu'à toute l'équipe de GeoRezo, une excellente année 2015 !!!!


Mathmaroc

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#19 Mon 05 January 2015 10:33

MathieuR
Membre
Lieu: aix-en-provence
Date d'inscription: 16 Feb 2009
Messages: 1690
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Re: QGIS 2.4.0 : Utiliser R script (logiciel statistique)

Bonne année à toi également wink


geodata au cerema et petits billets en géomatique

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