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Bonjour et bienvenue sur le forum,
Il n'y a pas vraiment de projet qgis mac vs windows. Avec la même version (2.6) de QGIS, vous devriez avoir la même chose que ce soit sur Mac ou Windows. Le problème qui peut apparaître réside dans le chemin des couches auxquelles accède le projet. Mac a en effet une façon d'écrire les chemins absolus qui est différente de celle de Windows.
C'est pourquoi, travaillant dans une structure où on utilise QGIS sous Mac et Windows, les couches sont sur un serveur accessible à tous et c'est le chemin relatif des couches dans le projet qui y est stocké (menu Projet > Propriétés du projet > Général). Et là, tous les OS comprennent cette écriture. Mais ça, c'est en amont.

Pour revenir à votre problème, je suppose que vous êtes sur le même réseau que votre prof vu que vous pouvez aller chercher les couches quelque part où que les couches sont en tout cas disponibles. Ce que vous pouvez faire c'est ouvrir le projet avec un éditeur de texte (genre notepad) et faire un rechercher/remplacer avec la portion du chemin des couches qui n'est pas identique entre les OS.