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Bonjour,

En effet faire un masque pour éliminer un objet que l'on ne souhaite pas considérer dans une analyse est une solution. Cela peut se faire manuellement si les nuages sont gros évidents et peu nombreux, sinon un seuil de bandes, au risque de perdre de l'info pertinente. Le seuil peut être fait sur la (les) bande(s) brute(s) ou sur une bande issu d'un calcul préalable (indice quelconque dans lequel les nuages ressortiraient bien).

Sinon je me permets de mettre un petit warning sur le calcul de NDVI avec les bandes de Landsat 8. La bande 4 de Landsat 8 n'est pas vraiment dans le PIR (fenêtre de réponse de la chlorophylle verte). Du coup, le calcul de NDVI (PIR-Rouge)/(PIR+rouge) fait basiquement avec les bandes (4-3)/(4+3) n'est pas forcément des plus pertinents.
La bande 5 est, elle, dans le PIR, mais assez large, donc je pense qu'elle ratisse pas mal d'objets qui répondent dans cette bande.
Un site où l'on voit les différentes bandes des Landsat et la réponse de certains végétaux/minéraux : http://landsat.usgs.gov//tools_viewer.php

Bonne continuation,

Bénédicte