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En clair, nous avons perdu vos contributions et inscriptions du dimanche 24 et du lundi 25 mars.
Nous vous prions de nous excuser.

#1 Fri 18 November 2011 21:53

tomax
Participant occasionnel
Lieu: Toulouse
Date d'inscription: 6 Sep 2010
Messages: 16

QGIS, Gdal et Python : probl sur Mac OS X Lion

Bonsoir à tous,
Je suis sur Mac Os X Lion et la dernière version de QGis. J'en ai profité pour mettre à jour tout ce que je trouvais sur le site de Kyngchaos. Qgis fonctionne globalement correctement. Mais impossible d'utiliser les Gdal Tools de même que le plugin manageR. Je viens de passer la journée à chercher des infos, taper des lignes de commandes ésotériques, etc etc. Rien n'y fait.
- Pour ManageR, il me retourne le message que rpy2 n'est pas installé. Certes. Seulement impossible de piger comment on peut installer ce module… J'ai fini par réussir à le télécharger mais pour l'installation, rien à faire. J'ai réussi à passer par Terminal, en suivant les instructions de ce site : http://wiki.alcidesfonseca.com/how-to/i … ac-os-106/
mais quand j'en arrive à la commande "sudo", Terminal me retourne : "error: could not create 'build/temp.macosx-10.7-intel-2.7': Permission denied"… j'abandonne… Si quelqu'un sait comment il faut faire…
- Pour Gdal, en fait, dès que je lance un outil Gdal depuis Qgis, il me retourne un pb avec Python, en m'affichant la fenêtre dont je joins la capture d'écran. Là non plus, je pige pas…
Ce qui me semble clair, c'est que j'ai un souci avec Python… mais lequel ???
Merci d'avance,


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#2 Fri 18 November 2011 23:33

gene
Participant actif
Lieu: Louvain-la-Neuve
Date d'inscription: 14 Dec 2006
Messages: 104
Site web

Re: QGIS, Gdal et Python : probl sur Mac OS X Lion

Vous devez bien comprendre le système Mac OS X avant de vous lancer dans l'aventure. Dans votre question vous parlez de rpy2 qui est un module Python qui n'a rien à voir avec Qgis et vous donnez un lien pour l'installer à partir d'une installation de R faite avec Homebrew. Savez-vous ce que c'est Homebrew ? Si vous avez installé R par la méthode traditionnelle (application R), ça ne vous est d'aucune utilité.

Je vous conseille donc dans un premier temps de lire le papier que je viens de publier sur le Forum :
"Qgis, GDAL, GRASS GIS et compagnie sur Mac OS X" http://georezo.net/forum/viewtopic.php?pid=201746

ensuite on pourra avancer :

- installation du module Python rpy2 dans votre Python standard (répertoire site-packages). Cette installation dépend de votre installation de R (pour les chemins).
- test du module à partir de Python en ligne de commande
- ensuite seulement utilisation dans Qgis

Le message d'erreur indique seulement que votre module Python gdal n'est pas bien installé (d'ou le message en Python). Avez-vous mis à jour Numpy etc. ? Ce sont aussi des modules Python disponibles dans le dmg d'installation de GDA, avez-vous fixé le chemin des binaires de GDAL dans GDALTOOLS ?

Dernière modification par gene (Fri 18 November 2011 23:37)

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#3 Sat 19 November 2011 06:42

tomax
Participant occasionnel
Lieu: Toulouse
Date d'inscription: 6 Sep 2010
Messages: 16

Re: QGIS, Gdal et Python : probl sur Mac OS X Lion

Bonjour Gene,
Merci de la réponse, mais malheureusement ça ne m'aide pas beaucoup pour être franc.
Tout d'abord les deux dernières questions : oui j'ai mis à jour Numpy et oui j'ai indiqué le chemin des bin dans Gda (en espérant avoir mis le bon : /Library/Frameworks/GDAL.framework/Versions/1.8).
Sinon, j'avais déjà lu votre papier dont vous donner le lien, c'est même à partir de là que j'avais essayé Homebrew. Mais soit dit sans vouloir vous vexer, ça ne m'aide pas beaucoup car visiblement au-delà de mes compétences à ce niveau de gestion du système Mac que j'utilise pourtant depuis plus de 20 ans !!… Vous me dites par exemple de mettre rpy2 dans mon Python standard, je veux bien moi, mais je ne sais même pas où il est ce Python standard… R lui est dans mon dossier Applications, comme Qgis et tout le reste. Je crains qu'à mon niveau, ce soit d'un véritable pas à pas dont j'aurais besoin…
Merci beaucoup de la réponse en tous cas, je vais relire encore un coup votre papier au cas où je comprenne mieux ce qui m'échappe !

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#4 Sat 19 November 2011 11:40

gene
Participant actif
Lieu: Louvain-la-Neuve
Date d'inscription: 14 Dec 2006
Messages: 104
Site web

Re: QGIS, Gdal et Python : probl sur Mac OS X Lion

Alors, oui, ça va être un peu complexe à expliquer :

- l'important dans un système UNIX c'est le PATH, c-a-d, en gros, la variable qui définit les chemins vers tout ce qui est installé et tout ce qui est utile (binaires c.a.d programmes exécutables, à ne pas confondre avec les applications .app, librairies). Elle permet aux programmes de les retrouver
- le dossier le plus important dans ce cas là est le dossier /usr/bin qui est un dossier masqué.
- l'application R ,  lorsqu'elle s'installe va aussi installer des "exécutables" de R dans /usr/bin (c'est un peu plus compliqué car c'est en fait un fichier lien symbolique vers autre chose, mais ne compliquons pas les choses, ça fonctionne comme si c'était un programme) ). Si vous avez installé les "Developper Tools ou Xcode", vous pouvez le vérifier en tapant dans votre terminal

Code:

which R
/usr/bin/R

Vous pouvez alors parfaitement utiliser R en ligne de commande, comme toutes les applications tierces qui veulent utiliser R, qui n'utilisent absolument pas l'application R (R.app), en particulier les modules Python comme rpy2 :

Code:

$ R

R version 2.11.1 (2010-05-31)
Copyright (C) 2010 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

R est un logiciel libre livré sans AUCUNE GARANTIE.
Vous pouvez le redistribuer sous certaines conditions.
Tapez 'license()' ou 'licence()' pour plus de détails.

R est un projet collaboratif avec de nombreux contributeurs.
Tapez 'contributors()' pour plus d'information et
'citation()' pour la façon de le citer dans les publications.

Tapez 'demo()' pour des démonstrations, 'help()' pour l'aide
en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
Tapez 'q()' pour quitter R.
....

- le module rpy2, lorsqu'il s'installe va donc chercher où il peut trouver un exécutable de R (et donc pas l'application, mais celui  qu'on vient de trouver)
"cherche dans le PATH où est installé un exécutable R" -> /usr/bin/R

Code:

sudo python setup.py install

suffit donc amplement puisque le module va directement trouver cet exécutable et sudo car le dossier "site-package" du Python installé est protégé en écriture ( /Library/Python/2.7/site-packages/)
- lorsque vous utilisez sudo python setup.py build --r-home /usr/local/Cellar/r/2.11.1/R.framework/Resources/ install proposé par votre lien vous lui demandez en fait :
       - "va chercher l'exécutable de R qui est installé dans /usr/local/Cellar/r/2.11.1/R.framework/Resources/" et pas dans le PATH standard (/usr/bin/)
       - si vous n'avez pas installé R par HomeBrew, il n'y aura rien à cet endroit, donc échec.

La version Qgis pour Mac de Kyngchaos est développée pour l'UNIX de Mac OS X, ce qui implique, malheureusement ou heureusement, une connaissance minimale de cet aspect. Toutes ces librairies sont placées dans le dossier /Library/Frameworks/..., qui n'est pas dans le PATH par défaut. Il faut donc indiquer à chaque application tierce qui veut utiliser une de ces bibliothèques où sont les exécutables. 
Donc chez vous, vous devez indiquer :

Code:

/Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs:/usr/bin

Ce qui signifie, "cherche les exécutables dans /Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs et dans /usr/bin"

Vous me direz, c'est lourd, mais une fois le principe compris, tout ça devient d'une facilité, d'une utilité et d'une puissance  incroyable. Il y a moyen de fixer ce PATH par défaut une fois pour toutes et de rajouter des chemins au fur à mesure dans un fichier masqué qui est dans votre "maison" .bash_profile pour le terminal ou .bashrc pour X11, mais c'est une autre histoire. Par exemple, chez moi, dans le terminal

Code:

$ echo $PATH
/Library/Frameworks/Mapnik.framework/Programs:/Users/martinlaloux/GMT4.5.5/bin:/usr/local/ggobi/bin:/usr/local/pgsql/bin:/Library/Frameworks/SQLite3.framework/Programs:
/Library/Frameworks/GEOS.framework/Programs:/Library/Frameworks/GEOS.framework/Versions/3/unix:/Library/Frameworks/PROJ.framework/Programs:/Library/Frameworks/UnixImageIO.framework/Programs:
/Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs:/usr/bin:/usr/local/bin:/Users/martinlaloux/ImageMagick-6.6.5/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/opt/opengeo/pgsql/8.4/bin:/usr/texbin:/usr/X11/bin

Ce même principe est utilisé par William Kyngesburye lorsqu'il installe son module Python Numpy. Il y a un fichier /Library/Python/2.7/site-packages/numpy-override.pth qui est :

Code:

import sys; sys.path.insert(0,'/Library/Python/2.7/site-packages/numpy-override')

Ça indique simplement à Python où trouver le module Numpy de Kingchaos. L'installation standard de ce module le placerait dans /Library/Python/2.7/site-packages/numpy et pas dans /Library/Python/2.7/site-packages/numpy-override/numpy. Donc la commande veut dire :
"utilise le dossier numpy qui est dans le dossier numpy-override"

Et voilà, j'espère vous avoir été utile. Moi aussi, avec plus de 20 ans de Mac à mon actif, je m'y suis mis, à cet aspect UNIX, et tout devient alors beaucoup plus facile. La seule chose que je vous conseille est, si ce n'est déjà fait, d'installer Xcode (et donc les developer tools), gratuit avant Lion, quelques euros sur l'Apple Store pour Lion, sinon vous aurez un UNIX bridé et vous mettre à Python, qui est un langage facile à apprendre et qui est utilisé par la grande majorité des Sigs voir http://www.portailsig.org/content/pytho … rehensions et http://www.portailsig.org/content/pytho … alogr-par-

Dernière modification par gene (Sat 19 November 2011 13:51)

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#5 Sat 19 November 2011 13:52

tomax
Participant occasionnel
Lieu: Toulouse
Date d'inscription: 6 Sep 2010
Messages: 16

Re: QGIS, Gdal et Python : probl sur Mac OS X Lion

Re-Bonjour, et milles merci pour votre aide très précieuse !
Les choses progressent même si c'est de manière un peu étrange ! En effet, après avoir suivi vos indications, j'ai réussi à implanter correctement le module rpy2, vu que l'extension manageR a alors fonctionné. Par contre, les Gdal ne fonctionnaient toujours pas. J'ai refait la manip pour les Gdal plusieurs fois, et moralité maintenant, manageR ne fonctionne plus (de nouveau une erreur python) mais les Gdal oui (hormis la commande rasteriser qui retourne également une erreur python) !!! Bon… je vais refaire un essai complet, on verra. Merci encore en tous cas !

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#6 Sun 20 November 2011 22:03

tomax
Participant occasionnel
Lieu: Toulouse
Date d'inscription: 6 Sep 2010
Messages: 16

Re: QGIS, Gdal et Python : probl sur Mac OS X Lion

De plus en plus de soucis…
Je n'ai pas réussi à venir à bout de mes soucis avec Ggis. Pour faire bref, j'en suis resté à l'état de mon précédent message, à savoir que seule une partie des Gdal fonctionne, l'autre (qui est évidemment celle dont j'aurais besoin) me retourne des erreurs python, le plugin ManageR ne fonctionne plus après deux spasmes positifs, et pire que tout, maintenant c'est même mon R normal qui ne répond plus à certaines commandes !!!! Par exemple, il ne lance plus le module Cmdr, sauf à le lancer directement depuis Terminal !!! autrement dit, je me retrouve avec deux versions de R, une normale dans mes applications, mais donc qui ne trouve plus une partie de ses extensions, et une autre je ne sais où avec les modules !!! au secours au secours !! Y a-t-il un moyen de revenir en arrière pour retrouver des choses fonctionnelles, hormis reformater le disque ??

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#7 Sun 20 November 2011 22:15

tomax
Participant occasionnel
Lieu: Toulouse
Date d'inscription: 6 Sep 2010
Messages: 16

Re: QGIS, Gdal et Python : probl sur Mac OS X Lion

pour préciser le pb par rapport à R et Rcmdr, c'est que quand je lance l'appel library(Rcmdr), il commence par appeler le module Tcl/tk qui est du Python si je ne m'abuse, et là il tourne sans fin, ou plus exactement ne tourne plus du tout car ne trouve plus rien, le module Tcl/tk n'étant plus à sa place normale…

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#8 Mon 28 November 2011 16:59

tomax
Participant occasionnel
Lieu: Toulouse
Date d'inscription: 6 Sep 2010
Messages: 16

Re: QGIS, Gdal et Python : probl sur Mac OS X Lion

juste pour info aux futurs lecteurs…
Ayant décidé de reformater mon disque pour repartir sur une installation propre, celui-ci (qui présentait des signes de faiblesses depuis quelques temps) est mort au cours de l'opération !!! DD neuf, clean install de Mac Os Lion, puis ré-installation propre des tous les logiciels, et depuis tout marche nickel, comme quoi !
En tous les cas, merci à tous de votre aide.

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#9 Mon 28 November 2011 21:54

Floflo49fb
Participant assidu
Lieu: Montpellier
Date d'inscription: 29 Aug 2009
Messages: 249
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Re: QGIS, Gdal et Python : probl sur Mac OS X Lion

Bonsoir,
Pour info le module python rpy2 est maintenant disponible ici : http://www.kyngchaos.com/software/python depuis le 23 Novembre:)


Florian Boret
Dream it, Make it, Share it

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#10 Wed 30 November 2011 17:49

gene
Participant actif
Lieu: Louvain-la-Neuve
Date d'inscription: 14 Dec 2006
Messages: 104
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Re: QGIS, Gdal et Python : probl sur Mac OS X Lion

oui, mais il est fourni pour une version particulière de R, la 2.14 alors que si vous savez le faire tout seul comme un grand, vous pouvez l'installer pour la version de R que vous voulez. Et, somme toute, c'est tout, sauf difficile.

Dernière modification par gene (Wed 30 November 2011 17:53)

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