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Vous devez bien comprendre le système Mac OS X avant de vous lancer dans l'aventure. Dans votre question vous parlez de rpy2 qui est un module Python qui n'a rien à voir avec Qgis et vous donnez un lien pour l'installer à partir d'une installation de R faite avec Homebrew. Savez-vous ce que c'est Homebrew ? Si vous avez installé R par la méthode traditionnelle (application R), ça ne vous est d'aucune utilité.

Je vous conseille donc dans un premier temps de lire le papier que je viens de publier sur le Forum :
"Qgis, GDAL, GRASS GIS et compagnie sur Mac OS X" http://georezo.net/forum/viewtopic.php?pid=201746

ensuite on pourra avancer :

- installation du module Python rpy2 dans votre Python standard (répertoire site-packages). Cette installation dépend de votre installation de R (pour les chemins).
- test du module à partir de Python en ligne de commande
- ensuite seulement utilisation dans Qgis

Le message d'erreur indique seulement que votre module Python gdal n'est pas bien installé (d'ou le message en Python). Avez-vous mis à jour Numpy etc. ? Ce sont aussi des modules Python disponibles dans le dmg d'installation de GDA, avez-vous fixé le chemin des binaires de GDAL dans GDALTOOLS ?

Dernière modification par gene (Fri 18 November 2011 23:37)

Alors, oui, ça va être un peu complexe à expliquer :

- l'important dans un système UNIX c'est le PATH, c-a-d, en gros, la variable qui définit les chemins vers tout ce qui est installé et tout ce qui est utile (binaires c.a.d programmes exécutables, à ne pas confondre avec les applications .app, librairies). Elle permet aux programmes de les retrouver
- le dossier le plus important dans ce cas là est le dossier /usr/bin qui est un dossier masqué.
- l'application R ,  lorsqu'elle s'installe va aussi installer des "exécutables" de R dans /usr/bin (c'est un peu plus compliqué car c'est en fait un fichier lien symbolique vers autre chose, mais ne compliquons pas les choses, ça fonctionne comme si c'était un programme) ). Si vous avez installé les "Developper Tools ou Xcode", vous pouvez le vérifier en tapant dans votre terminal

which R
/usr/bin/R

Vous pouvez alors parfaitement utiliser R en ligne de commande, comme toutes les applications tierces qui veulent utiliser R, qui n'utilisent absolument pas l'application R (R.app), en particulier les modules Python comme rpy2 :

$ R

R version 2.11.1 (2010-05-31)
Copyright (C) 2010 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

R est un logiciel libre livré sans AUCUNE GARANTIE.
Vous pouvez le redistribuer sous certaines conditions.
Tapez 'license()' ou 'licence()' pour plus de détails.

R est un projet collaboratif avec de nombreux contributeurs.
Tapez 'contributors()' pour plus d'information et
'citation()' pour la façon de le citer dans les publications.

Tapez 'demo()' pour des démonstrations, 'help()' pour l'aide
en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
Tapez 'q()' pour quitter R.
....

- le module rpy2, lorsqu'il s'installe va donc chercher où il peut trouver un exécutable de R (et donc pas l'application, mais celui  qu'on vient de trouver)
"cherche dans le PATH où est installé un exécutable R" -> /usr/bin/R

sudo python setup.py install

suffit donc amplement puisque le module va directement trouver cet exécutable et sudo car le dossier "site-package" du Python installé est protégé en écriture ( /Library/Python/2.7/site-packages/)
- lorsque vous utilisez sudo python setup.py build --r-home /usr/local/Cellar/r/2.11.1/R.framework/Resources/ install proposé par votre lien vous lui demandez en fait :
       - "va chercher l'exécutable de R qui est installé dans /usr/local/Cellar/r/2.11.1/R.framework/Resources/" et pas dans le PATH standard (/usr/bin/)
       - si vous n'avez pas installé R par HomeBrew, il n'y aura rien à cet endroit, donc échec.

La version Qgis pour Mac de Kyngchaos est développée pour l'UNIX de Mac OS X, ce qui implique, malheureusement ou heureusement, une connaissance minimale de cet aspect. Toutes ces librairies sont placées dans le dossier /Library/Frameworks/..., qui n'est pas dans le PATH par défaut. Il faut donc indiquer à chaque application tierce qui veut utiliser une de ces bibliothèques où sont les exécutables. 
Donc chez vous, vous devez indiquer :

/Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs:/usr/bin

Ce qui signifie, "cherche les exécutables dans /Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs et dans /usr/bin"

Vous me direz, c'est lourd, mais une fois le principe compris, tout ça devient d'une facilité, d'une utilité et d'une puissance  incroyable. Il y a moyen de fixer ce PATH par défaut une fois pour toutes et de rajouter des chemins au fur à mesure dans un fichier masqué qui est dans votre "maison" .bash_profile pour le terminal ou .bashrc pour X11, mais c'est une autre histoire. Par exemple, chez moi, dans le terminal

$ echo $PATH
/Library/Frameworks/Mapnik.framework/Programs:/Users/martinlaloux/GMT4.5.5/bin:/usr/local/ggobi/bin:/usr/local/pgsql/bin:/Library/Frameworks/SQLite3.framework/Programs:
/Library/Frameworks/GEOS.framework/Programs:/Library/Frameworks/GEOS.framework/Versions/3/unix:/Library/Frameworks/PROJ.framework/Programs:/Library/Frameworks/UnixImageIO.framework/Programs:
/Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs:/usr/bin:/usr/local/bin:/Users/martinlaloux/ImageMagick-6.6.5/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/opt/opengeo/pgsql/8.4/bin:/usr/texbin:/usr/X11/bin

Ce même principe est utilisé par William Kyngesburye lorsqu'il installe son module Python Numpy. Il y a un fichier /Library/Python/2.7/site-packages/numpy-override.pth qui est :

import sys; sys.path.insert(0,'/Library/Python/2.7/site-packages/numpy-override')

Ça indique simplement à Python où trouver le module Numpy de Kingchaos. L'installation standard de ce module le placerait dans /Library/Python/2.7/site-packages/numpy et pas dans /Library/Python/2.7/site-packages/numpy-override/numpy. Donc la commande veut dire :
"utilise le dossier numpy qui est dans le dossier numpy-override"

Et voilà, j'espère vous avoir été utile. Moi aussi, avec plus de 20 ans de Mac à mon actif, je m'y suis mis, à cet aspect UNIX, et tout devient alors beaucoup plus facile. La seule chose que je vous conseille est, si ce n'est déjà fait, d'installer Xcode (et donc les developer tools), gratuit avant Lion, quelques euros sur l'Apple Store pour Lion, sinon vous aurez un UNIX bridé et vous mettre à Python, qui est un langage facile à apprendre et qui est utilisé par la grande majorité des Sigs voir http://www.portailsig.org/content/pytho … rehensions et http://www.portailsig.org/content/pytho … alogr-par-

Dernière modification par gene (Sat 19 November 2011 13:51)

De plus en plus de soucis…
Je n'ai pas réussi à venir à bout de mes soucis avec Ggis. Pour faire bref, j'en suis resté à l'état de mon précédent message, à savoir que seule une partie des Gdal fonctionne, l'autre (qui est évidemment celle dont j'aurais besoin) me retourne des erreurs python, le plugin ManageR ne fonctionne plus après deux spasmes positifs, et pire que tout, maintenant c'est même mon R normal qui ne répond plus à certaines commandes !!!! Par exemple, il ne lance plus le module Cmdr, sauf à le lancer directement depuis Terminal !!! autrement dit, je me retrouve avec deux versions de R, une normale dans mes applications, mais donc qui ne trouve plus une partie de ses extensions, et une autre je ne sais où avec les modules !!! au secours au secours !! Y a-t-il un moyen de revenir en arrière pour retrouver des choses fonctionnelles, hormis reformater le disque ??

juste pour info aux futurs lecteurs…
Ayant décidé de reformater mon disque pour repartir sur une installation propre, celui-ci (qui présentait des signes de faiblesses depuis quelques temps) est mort au cours de l'opération !!! DD neuf, clean install de Mac Os Lion, puis ré-installation propre des tous les logiciels, et depuis tout marche nickel, comme quoi !
En tous les cas, merci à tous de votre aide.

oui, mais il est fourni pour une version particulière de R, la 2.14 alors que si vous savez le faire tout seul comme un grand, vous pouvez l'installer pour la version de R que vous voulez. Et, somme toute, c'est tout, sauf difficile.

Dernière modification par gene (Wed 30 November 2011 17:53)