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Bonjour,
Effectivement : "File "C:/PROGRA~1/QGIS2~1.18/apps/qgis/./python/plugins\processing\tools\vector.py", line 618, in __init__uri = EOM_TYPE_MAP[geometryType] + "?uuid=" + unicode(uuid.uuid4()) KeyError: 1006" ! !-)

Bonjour Hocine,
Merci pour cette piste. Je viens de tout essayer en traitement par lot, mais rien y fait, ça me rend fou.
Je trouve que globalement qgis, c'est bien, mais, d'expérience, il y a beaucoup de bugs qui sont inexpliqués. On passe sur cet outil moins de temps à faire des cartes qu'à essayer de comprendre pourquoi il ne marche pas. Le logiciel ne nous explique à aucun moment pourquoi il plante. Ah si : "1006 See log for more details". On est vachement avancés. Et des fois ça remarche, sans que l'on comprenne pourquoi. Vraiment énervant.
Bonne journée.

Bonjour,
Merci Santanna pour ton lien. Disons qu'après quelques heures et cinquante tentatives pour effectuer une tache simple j'ai un peu la rage ! Pour finir j'ai redécoupé à la main avec l'outil nœud ma limite commune à deux polygones : ça allait plus vite...
Bref. En tout cas je suis en train de rédiger une liste de bugs et d'améliorations à apporter à destination des développeurs; j'envoie ça prochainement. Le "1006" figurera en bonne place !
Bien à vous.
Julien.

Bonjour,
Je me permet de répondre, certes en retard, car je rencontre le même problème que Julien (je suis en version 2.18.14 et le problème est apparu sur la version 2.18.13, inexplicablement, peut avant que je ne fasse la maj. Mystère total donc).

Après une courte (mais intense) période de frustration, j'ai réussi à faire ce que je voulais en passant par les outils GRASS. C'est la seule option viable que j'ai pu trouver à ce jour.

En revanche, je ne sais toujours pas d'où peut venir la cause de cette fameuse erreur 1006... J'ai vérifié mes géométries et je n'ai aucune erreur dedans (en passant par l'outil "vérifier les géométries"), et l'outil "vérifier la vladité" plante (erreur -2147483645).
L'origine du plantage semble être la même que pour les outils de géotraitement. Voici mes logs :
Difference :

2017-11-06T09:10:15    2    Uncaught error while executing algorithm
            Traceback (most recent call last):
              File "C:/PROGRA~1/QGIS2~1.18/apps/qgis/./python/plugins\processing\core\GeoAlgorithm.py", line 203, in execute
                self.processAlgorithm(progress)
              File "C:/PROGRA~1/QGIS2~1.18/apps/qgis/./python/plugins\processing\algs\qgis\Difference.py", line 75, in processAlgorithm
                layerA.crs())
              File "C:/PROGRA~1/QGIS2~1.18/apps/qgis/./python/plugins\processing\core\outputs.py", line 326, in getVectorWriter
                crs, options)
              File "C:/PROGRA~1/QGIS2~1.18/apps/qgis/./python/plugins\processing\tools\vector.py", line 600, in __init__
                uri = GEOM_TYPE_MAP[geometryType] + "?uuid=" + unicode(uuid.uuid4())
            KeyError: 1006

Vérifier la validité :

2017-11-06T09:19:26    2    Uncaught error while executing algorithm
            Traceback (most recent call last):
              File "C:/PROGRA~1/QGIS2~1.18/apps/qgis/./python/plugins\processing\core\GeoAlgorithm.py", line 203, in execute
                self.processAlgorithm(progress)
              File "C:/PROGRA~1/QGIS2~1.18/apps/qgis/./python/plugins\processing\algs\qgis\CheckValidity.py", line 93, in processAlgorithm
                self.doCheck(progress)
              File "C:/PROGRA~1/QGIS2~1.18/apps/qgis/./python/plugins\processing\algs\qgis\CheckValidity.py", line 109, in doCheck
                layer.crs())
              File "C:/PROGRA~1/QGIS2~1.18/apps/qgis/./python/plugins\processing\core\outputs.py", line 326, in getVectorWriter
                crs, options)
              File "C:/PROGRA~1/QGIS2~1.18/apps/qgis/./python/plugins\processing\tools\vector.py", line 600, in __init__
                uri = GEOM_TYPE_MAP[geometryType] + "?uuid=" + unicode(uuid.uuid4())
            KeyError: -2147483645

Je ne sais pas ce que vous en pensez, mais on dirait que QGIS n'arrive pas à lire quelque chose... Mais je ne saurais définir quoi...

Voilà, j'espère que ça peut être utile !
Bonne journée à vous.